Cagar Biosfer Minami-Alps adalah salah satu dari sedikit kawasan dengan curah hujan tinggi di Jepang, dengan ketinggian maksimum 3.193 m di atas permukaan laut (terendah 180 m). Sebagian besar kawasan ini berupa hutan, dengan area yang dicirikan oleh komunitas tumbuhan alpen (ladang bunga) dan vegetasi hutan yang lebat. Cagar ini menjadi rumah bagi banyak festival lokal, dengan penemuan peninggalan dari Periode Jōmon, dan tradisi seni rakyat. Secara historis, penduduknya tinggal di wilayah yang dekat dengan pegunungan dan karenanya terlibat dalam berburu, memancing, mengumpulkan sayuran, dan bertani.

Cagar Biosfer Minami-Alps diapit oleh sungai di kedua sisinya dan terletak di dalam wilayaPalearktik yang meliputi benua Eurasia dan benua Afrika di utara Gurun Sahara. Habitat utama di kawasan ini terdiri dari wilayah vegetasi alpen (dengan banyak spesies endemik seperti Callianthemum hondoense), wilayah hutan konifer subalpin, wilayah hutan gugur berdaun lebar, dan wilayah hutan hijau berdaun lebar. Jenis tutupan lahan meliputi hutan tanaman, lahan pertanian, dan kawasan pemukiman.

Dengan banyaknya hutan yang dimilikinya, dan dengan pengecualian hutan tanaman, vegetasi Minami-Alps terbentuk dari vegetasi alami dan sekunder. Wilayah ini memiliki lingkungan alami purba yang terbatas, dan hutan alami regenerasi yang telah ditebang di masa lalu. Lingkungan hutan tanaman sebagian besar tersebar di sekitar permukiman manusia dan menyediakan produk kayu (biasanya konifer) dengan nilai pasar tinggi yang tersebar luas di daerah transisi. Perbukitan dari zona subalpin mengandung hutan tanaman larch, cedar Jepang, cemara Jepang, dan pinus merah Jepang, sedangkan zona alpen di atas ketinggian 2.600 m memiliki komunitas pinus batu kerdil dan berbagai komunitas tumbuhan alpen lainnya. Sebaliknya, dataran rendah dimanfaatkan untuk sawah, kebun teh, kebun buah gugur, lahan pertanian, dan perumahan. Di dalam cagar biosfer terdapat berbagai aliran sungai besar dan kecil, sungai, danau, dan wilayah perairan terbuka lainnya di sistem Sungai Fuji, Sungai Ōi, dan Sungai Tenryū.

Zona alpen di Pegunungan Minami-Alpen memiliki distribusi unik tumbuhan dan hewan yang bermigrasi ke selatan di sepanjang kepulauan Jepang selama zaman es. Karena zona alpen Pegunungan Minami-Alpen terletak di ujung selatan, zona ini rentan terhadap perubahan lingkungan global, sehingga banyak spesies terancam punah. Meskipun demikian, zona pegunungan juga cocok untuk beragam spesies, termasuk burung pemangsa besar dan langka seperti burung belibis salju (ptarmigan batu), elang emas, dan spesies endemik Jepang (serow, dormouse Jepang, beruang hitam Jepang, dll.).

Zona perbukitan mencakup area permukiman manusia, dan dengan mengelola area tersebut, beragam hewan yang cocok dengan lingkungan tersebut dapat hidup bebas. Lebih lanjut, curah hujan yang tinggi di Pegunungan Alpen Minami dan wilayah sekitarnya mengubah topografi, sehingga mendukung habitat bagi berbagai hewan di hutan. Spesies endemik di wilayah vegetasi Alpen meliputi: Saxifraga cernua, Pinus pumila, dan Lepisorus clathratus; tanaman skipper kotak-kotak dan Sympistis heliophila.

Vegetasi di Cagar Biosfer Pegunungan Alpen Minami dengan jelas menunjukkan karakteristik distribusi vertikal dari perbukitan ke dataran tinggi. Tumbuhan yang tercatat tumbuh pada ketinggian di atas 800 meter di Pegunungan Alpen Minami meliputi 1.635 spesies trakeofit, 248 spesies lumut, dan 98 spesies lumut kerak. Fauna di kawasan ini meliputi 39 spesies mamalia, 102 spesies burung, 9 spesies reptil, 9 spesies amfibi, 10 spesies ikan, 45 spesies kerang, dan 2.871 spesies serangga.^[1]