Danau Naivasha berada 1.884 mdpl yang merupakan ketinggian tertinggi di lembah Rift Kenya, dengan kombinasi geologi kompleks batuan vulkanik dan endapan sedimen dari danau era Pleistosen.
Terlepas dari aliran sementara yang tidak permanen, danau ini dialiri oleh dua sungai abadi Sungai Malewa dan Sungai Gilgil. Tidak ada jalan atau aliran keluar yang terlihat, tetapi karena air danau relatif segar maka diasumsikan memiliki aliran keluar di bawah tanah.[2]