Filogenetika molekuler adalah cabang dari filogeni yang menganalisis perbedaan molekul genetik yang dapat diturunkan, terutama dalam urutan DNA, untuk mendapatkan informasi tentang hubungan evolusi organisme. Dari analisis ini, proses di mana keanekaragaman di antara spesies telah tercapai dapat ditentukan. Hasil analisis filogenetik molekuler dinyatakan dalam pohon filogenetik. Filogenetik molekuler adalah salah satu aspek sistematika molekuler, istilah yang lebih luas yang juga termasuk penggunaan data molekuler dalam taksonomi dan biogeografi. Filogenetika molekuler dan evolusi molekuler menunjukkan korelasi satu dengan lainnya. Evolusi molekuler dapat didefinisikan sebagai proses perubahan selektif (mutasi) pada tingkat molekuler (gen, protein, dll) di berbagai cabang di pohon kehidupan (evolusi). Filogenetika molekuler membuat kesimpulan dari hubungan evolusi yang timbul karena evolusi molekuler dan menghasilkan konstruksi pohon filogenetik. Gambar yang ditampilkan di kanan menggambarkan pohon filogenetik kehidupan sebagai salah satu pohon detail pertama, menurut informasi yang diketahui pada 1870-an oleh Haeckel.

Kerangka teoretis untuk sistematika molekuler diletakkan pada 1960-an dalam karya-karya Emile Zuckerkandl, Emanuel Margoliash, Linus Pauling, dan Walter M. Fitch.^[1] Aplikasi sistematika molekuler dipelopori oleh Charles G. Sibley (burung), Herbert C. Dessauer (herpetologi), dan Morris Goodman (primata), diikuti oleh Allan C. Wilson, Robert K. Selander, dan John C. Avise (yang mempelajari berbagai kelompok). Penggunaan elektroforesis protein bermula sekitar tahun 1956. Meskipun hasilnya tidak kuantitatif dan pada awalnya tidak meningkatkan klasifikasi morfologi, mereka memberikan petunjuk menggiurkan bahwa konsep lama dari klasifikasi burung, misalnya, memerlukan revisi substansial. Pada periode 1974–1986, hibridisasi DNA-DNA adalah teknik dominan yang digunakan untuk mengukur perbedaan genetik.^[2]

• Felsenstein, J. 2004. Inferring phylogenies. Sinauer Associates Incorporated. ISBN 0-87893-177-5.
• Hillis, D. M. & Moritz, C. 1996. Molecular systematics. 2nd ed. Sinauer Associates Incorporated. ISBN 0-87893-282-8.
• Page, Roderic D. M.; Holmes, Edward C. (1998). Molecular evolution : a phylogenetic approach. Oxford: Blackwell Science. ISBN 9780865428898. OCLC 47011609. Diarsipkan dari asli tanggal 2019-12-14. Diakses tanggal 2018-06-05.
• Page, R. D. M. & Holmes, E. C. 1998. Molecular evolution: a phylogenetic approach. Blackwell Science, Oxford. ISBN 0-86542-889-1.
• Soltis, P.S., Soltis, D.E., and Doyle, J.J. (1992) Molecular systematics of plants. Chapman & Hall, New York. ISBN 0-41202-231-1.
• Soltis, P.S., Soltis, D.E., and Doyle, J.J. (1998) Molecular Systematics of Plants II: DNA Sequencing. Kluwer Academic Publishers Boston, Dordrecht, London. ISBN 0-41211-131-4.
• San Mauro, D.; Agorreta, A. (2010). "Molecular systematics: a synthesis of the common methods and the state of knowledge". Cellular & Molecular Biology Letters. 15 (2): 311–341. doi:10.2478/s11658-010-0010-8.

• NCBI – Systematics and Molecular Phylogenetics Diarsipkan 2017-12-29 di Wayback Machine.
• MEGA Software Diarsipkan 2023-07-06 di Wayback Machine.
• The promise of a DNA taxonomy (Mark L. Blaxter) Diarsipkan 2022-11-20 di Wayback Machine.
• Molecular phylogenetics Diarsipkan 2015-05-02 di Wayback Machine. from Encyclopædia Britannica.

Templat:Filogenetika Templat:Bioinformatika

Wikimedia Commons memiliki media mengenai Molecular phylogenetics.