Indonesia menyelenggarakan pemilu presiden secara langsung pertamanya.
Megawati menyatakan pemerintahannya berhasil dalam memulihkan ekonomi Indonesia, dan pada 2004, maju ke Pemilu 2004 dengan harapan untuk terpilih kembali sebagai presiden.
Ujian berat dihadapi Megawati untuk membuktikan bahwa dirinya masih bisa diterima mayoritas penduduk Indonesia. Dalam kampanye, seorang calon dari partai baru bernama Partai Demokrat, Susilo Bambang Yudhoyono, muncul sebagai saingan Megawati.
Partai Demokrat yang sebelumnya kurang dikenal, menarik perhatian masyarakat dengan pimpinannya, Yudhoyono, yang karismatik dan menjanjikan perubahan kepada Indonesia.Pemilihan putaran pertama menyisihkan kandidat lainnya sehingga yang tersisa tinggal Megawati dan SBY.
September
9 September 2004, ledakan besar yang bersumber dari sebuah mobil yang diparkir terjadi di depan Kedutaan Besar Australia. 5-11 orang tewas dan ratusan lainnya luka-luka. Ledakan juga mengakibatkan kerusakan beberapa gedung di sekitarnya seperti Menara Plaza 89, Menara Grasia, dan Gedung BNI. (Lihat pula: Bom Kedubes Australia 2004)
Mantan perwira tinggi militer SBY memenangi pemilihan presiden putaran kedua, sebagian disebabkan karena ketidakpercayaan pemilih terhadap Megawati.
20 Oktober - SBY dan JK dilantik menjadi Presiden-Wakil Presiden RI periode 2004-2009.
Sejak kenaikan SBY menjadi presiden, Indonesia mengalami musibah bencana alam yang hebat dan kecelakaan-kecelakaan transportasi yang datangnya bertubi-tubi.
November
Akhir dari dua tahun kerja komisi HAM Timor Timur yang mengadili 18 orang dengan tuduhan pelanggaran HAM selama krisis Timor Timur 1999. Hanya satu orang yang diputuskan bersalah - pemimpin militia pro-Indonesia Eurico Guterres.
22 November - Susilo Bambang Yudhoyono menerima bantuan internasional sekitar 75 miliar USD untuk membangun infrastruktur di Indonesia, pada forum APEC di Chile
30 November - Terjadi kecelakan pesawat terbang Lion Air Penerbangan 538 di Solo yang menewaskan 26 orang. Keamanan penerbangan-penerbangan murah di Indonesia mulai disorot.
Desember
7 Desember - Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) menetapkan Gubernur Nanggroe Aceh Darussalam Abdullah Puteh sebagai tersangka dalam kasus dugaan korupsi pembelian helikopter PLC Rostov jenis MI-2 senilai Rp12,6 miliar.[1]
10 Desember - SBY resmi memerangi korupsi di Indonesia dengan mengeluarkan izin pemeriksaan 25 pejabat negara, diantaranya 2 gubernur KDH, 7 anggota DPR/MPR, 4 bupati KDH dan 2 wali kota.
12 Desember - Dua gereja di Palu menjadi sasaran teror. Terjadi aksi penembakan di Gereja Anugerah Masomba dan terjadi ledakan bom di Gereja Immanuel. Dua kejadian tersebut terjadi hampir bersamaan, yaitu masing-masing pukul 19.05 dan 19.20 WITA. Tiga orang terluka dalam peristiwa ini.
13 Desember - Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) meminta data Kedubes RI di London tentang skandal pembelian 100 tank Scorpion senilai Rp 2,8 triliun (£ 160 juta) pada tahun 1992 - 1994 yang melibatkan Tutut, Rini Suwondho, dan dua petinggi militer Indonesia saat itu, HBL Mantiri dan R. Hartono.
15 Desember - Banjir di Amuntai, Kalimantan Selatan terus meluas. Jumlah korban mencapai seperempat jumlah penduduk Kab. Hulu Sungai Utara yaitu 200 ribu jiwa. Hingga saat ini tak ada laporan adanya korban jiwa, karena terseret banjir atau yang tersengat listrik.
15-19 Desember - Indonesia Terbuka 2004 diselenggarakan di Station Tenis Tertutup Senayan, Jakarta. Iindonesia berhasil memenangkan gelar tunggal dan ganda putra.
16 Desember - Hasil final penelitian Tim Terpadu Penanganan Pencemaran Teluk Buyat menyimpulkan Teluk Buyat, Ratatotok, Minahasa, tercemar logam berat, terutama merkuri dan arsenik yang berasal dari pembuangan tailing PT Newmont Minahasa Raya (NMR).
18 Desember - Sembilan bom ditemukan di bus Mekar Raya jurusan Garut-Cicaheum (Bandung). Bom-bom tersebut berbentuk tabung-tabung yang diletakkan di dalam kardus mi instan. Bus tersebut dihentikan oleh Polisi di bundaran Cibiru, Bandung setelah Polisi menerima laporan adanya benda mencurigakan dalam bus.
19 Desember - Pertamina secara serentak menaikkan harga Elpiji, Pertamax, dan Pertamax Plus.
20 Desember - Kalimantan Selatan dan Kalimantan Tengah dilanda kegelapan setelah delapan tower PLN bertegangan tinggi dirobohkan orang-orang tak dikenal.
20 Desember - Jusuf Kalla terpilih menjadi ketua umum partai Golkar menggantikan Akbar Tanjung.
21 Desember - Helikopter Bell 205 nomor registrasi HU-416 milik TNI AD mengalami musibah. Helikopter tersebut jatuh menabrak tebing di kawasan Sungai Siriwo, Kampung Okobado, Distrik Siriwo, Kab. Nabire, Papua. Akibatnya, lima awak dan penumpang tewas. Kecelakaan tersebut terjadi pada saat angin kencang.
24 Desember - Eurocopter Super Puma milik TNI AU mengalami musibah. Helikopter tersebut menabrak Bukit Perahu yang terletak di Desa Suran Gede, Kec. Kejajar, Kab. Wonosobo, Jawa Tengah. Akibatnya, lima awak dan penumpang langsung tewas di tempat kejadian. Kecelakaan diperkirakan terjadi akibat cuaca buruk.
26 Desember - Tsunami 2004 - Lebih dari 220 ribu jiwa di ujung utara pulau Sumatra, Indonesia, dinyatakan hilang atau meninggal setelah provinsi Aceh disapu oleh badai tsunami raksasa pada malam Natal 2004. Negara-negara di dunia menyalurkan bantuannya ke provinsi Indonesia yang dilanda konflik selama puluhan tahun tersebut, mengakhiri isolasi provinsi Aceh dari dunia internasional. Rekonstruksi masih terus dilakukan hingga saat ini. Bencana ini juga secara tidak langsung mengakhiri operasi militer Indonesia di Aceh yang berlangsung sejak Mei 2003 (lihat: Operasi militer Indonesia di Aceh 2003-2004)
29 Desember - Bank Indonesia mengeluarkan pecahan 20 ribu dan 100 ribu baru.
Hari libur nasional di Indonesia
Hari-hari libur nasional Indonesia untuk tahun 2004:
.jpg)
