Institut Agama Kristen Negeri Toraja adalah salah satu lembaga Pendidikan Tinggi yang berada di bawah naungan Departemen Agama c.q. Dirjen Bimas Kristen Departemen Agama, berdasarkan KePres No. 27 Tahun 2004 tanggal 12 April 2004 tentang Pendirian Sekolah Sekolah Tinggi Agama Kristen Palangka Raya dan Sekolah Sekolah Tinggi Agama Kristen Toraja. Berdasarkan KePres ini, dikeluarkan Keputusan Menteri Agama (KMA) No. 347 tentang Organisasi dan Tata Kerja Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri Palangka Raya dan Sekolah Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri Toraja.
IAKN Toraja adalah lembaga pendidikan yang cikal-bakalnya adalah Sekolah Tinggi Teologi Rantepao (STT Rantepao). STT Rantepao sendiri adalah lembaga pendidikan teologi yang didirikan oleh Gereja Toraja pada tanggal 1 Oktober 1964. STT Rantepao lahir dari pergumulan dan keinginan Gereja Toraja untuk memiliki lembaga pendidikan tinggi Teologi untuk mempersiapkan dan menghasilkan tenaga-tenaga pelayan yang masih dirasakan sangat kurang waktu itu.
Sekolah Tinggi Teologi Rantepao yang dikelola oleh Yayasan Pendidikan Teologi Gereja Toraja (YPTh), telah menghasilkan banyak tenaga-tenaga pelayan dalam lingkungan Gereja Toraja dan gereja-gereja lain (seperti: Gereja Toraja Mamasa, Gereja Protestan Indonesia di Luwu, Gereja Protestan di Sulawesi Tenggara, gereja Protestan indonesia Timur dll). Selain itu, juga telah dihasilkan guru-guru agama Kristen yang telah mengabdikan dirinya pada berbagai jenjang pendidikan di berbagai tempat, baik sekolah negeri maupun pada sekolah-sekolah swasta.
Seiring dengan perjalanan waktu, Gereja Toraja menyambut positif keinginan pemerintah untuk mendirikan STAKN di Tana Toraja, sehingga tidak keberatan jika keinginan itu direalisasikan melalui pendidikan teologi yang sudah ada yaitu STT Rantepao. Oleh karena itu STT Rantepao diserahkan ke negara c.q. Departemen Agama untuk diproses menjadi Sekolah STAKN Toraja melalui Keppres No. 27 Tahun 2004 tanggal 12 April 2004.
Dari sejarah singkat ini dapat diketahui bahwa IAKN Toraja memiliki ikatan historis dan ikatan moral yang kuat dengan Gereja Toraja c.q. STT Rantepao. Diharapkan ke depan, ikatan ini tetap menjiwai proses dan perjalanan IAKN Toraja.