Distrik Karubaga dibagi menjadi 1 kelurahan dan 22 kampung, yakni;
Kelurahan Karubaga
Ampera
Beleme
Danggulurik
Ebenhaiser
Elsadai
Gininggadonak
Gurikagewa
Gurikme
Kimobur
Kiranage
Kogimagi
Kolilan
Kuloname
Kuragepura
Lirak
Losmen
Luwik
Molera
Muara
Nalorini
Pulanggun
Yalikaluk
Demografi
Berdasarkan data Kementerian Dalam Negeri tahun 2021, jumlah penduduk distrik ini sebanyak 20.154 jiwa, dengan kepadatan penduduk 695 jiwa/km².[2] Di distrik Karubaga terdapat bermacam-macam kantor pemerintahan, dan juga berbagai fasilitas umum lainnnya, seperti kantor Bupati, kantor Kecamatan, Rumah Sakit, Puskesmas, Sekolah, kantor kepolisian, bandara dan lainnya. Sementara itu, keberagaman agama dan budaya menjadi bagian dari masyarakat Karubaga. Suku pendatang dari luar Papua, cukup banyak di distrik ini. Data Kementerian Dalam Negeri mencatat bahwa mayoritas penduduk Karubaga menganut agama Kekristenan. Adapun besaran penduduk menurut agama yang dianut yakni Kekristenan sebanyak 92,44%, dimana dominan Protestan sebanyak 90,75% dan selebihnya Katolik sebanyak 1,69%. Kemudian sebagian lagi menganut agama Islam berjumlah 7,51%, dan penganut agama Buddha dan Hindu sebanyak 0,05%.[2]