Didirikan pada tahun 1209 oleh Santo Fransiskus dari Assisi dan hingga terjadinya reformasi yang bertujuan untuk mendapatkan kembali semangat asli Santo Fransiskus dan Kebiasaan Asli Santo Fransiskus tetap menjadi bagian dari cabang utama. Reformasi Kapusin dimulai pada tahun 1525.[1]
Ordo Kapusin mulai berkarya di Indonesia Sejak tahun 1905 tepatnya di kota Singkawang. Sejak Februari 1994 di mekar kan menjadi 3 provinsi: Medan, Sibolga, dan Pontianak. Di Medan terdapat saat ini (Mei 2003) sebanyak 167 orang (kaul kekal 104 orang (88 Imam, 10 bruder dan 6 Frater) dan kaul sementara 63 orang (Frater 47, bruder 2 dan novis 14)). Di Provinsi Sibolga terdapat 60 Saudara berkaul kekal, 30 berkaul sementara, dan 5 Novis. Imam, bruder dan frater hidup bersama sebagai saudara.[2]
Pada tahun 2015, Provinsi Sibolga dimekarkan menjadi dua Kustodi, yakni Kustodi General Sibolga dan Kustodi General Kepulauan Nias sehingga Ordo Kapusin di Indonesia kini memiliki 4 jajaran. Ordo Kapusin ini adalah salah satu ordo yang miskin.[3]
