لعب توماس غرافيسن خلال مسيرته الاحترافية مع 5 أندية في ستة عشر موسمًا وسجل خلالها 34 هدفًا ضمن 350 مباراة. حيث فاز في موسم واحد بالكأس وفي موسم واحد بالدوري.
خاض توماس غرافيسن مسيرته مع نادي فايله في موسم 1994–95 ليلعب معه أربعة مواسم، مشاركًا في 71 مباراة سجل خلالها 10 أهداف. ثم انتقل إلى نادي هامبورغ في موسم 1997–98 واستمر معه طيلة ثلاثة مواسم، حيث شارك في 74 مباراة سجل خلالها 6 أهداف. لينتقل بعدها إلى نادي إيفرتون في موسم 2000–01 في المرة الأولى ليلعب معه خمسة مواسم ثم في موسم 2007–08 لمدة موسم واحد، مشاركًا طوالها في 149 مباراة سجل خلالها 11 هدفًا. ثم انتقل إلى نادي ريال مدريد في موسم 2004–05 ولمدة موسمين، مشاركًا في 34 مباراة سجل خلالها هدفًا واحدًا. هذا وانتقل لاحقًا إلى نادي سلتيك في موسم 2006–07 لمدة موسم واحد، مشاركًا في 22 مباراة سجل خلالها 6 أهداف.[5]
