بدأ مسيرته الكروية مع نادي بروندبي في عام 1986، ولعب معهم حتى عام 1988، وفي عام 1988 انتقل إلى نادي هامبورغ الألماني، ولعب معهم حتى عام 1990، وشارك معهم في 47 مباراة، وفي عام 1990 انتقل إلى نادي بروندبي، ولعب معهم حتى عام 1992، وشارك في تلك الفترة في 44 مباراة وسجل 4 أهداف، وفي عام 1992 انتقل إلى نادي آرسنال الإنجليزي، ولعب معهم حتى عام 1996، وشارك في تلك الفترة في 97 مباراة وسجل هدف واحد، وفي عام 1996 انتقل إلى نادي بروندبي، ولعب معهم حتى عام 1999، وشارك معهم في 90 مباراة وسجل 3 أهداف، وفي عام 1999 انتقل إلى نادي هيرفولج، ولعب معهم حتى عام 2002، وشارك معهم في 40 مباراة.
لعب جون ينسن خلال مسيرته الاحترافية مع 4 أندية في واحد وعشرون موسمًا وسجل خلالها 18 هدفًا ضمن 457 مباراة. حيث فاز في موسمين بالكأس وفي ثمانية مواسم بالدوري.
خاض جون ينسن مسيرته مع نادي بروندبي في عامي 1983-1985 في المرة الأولى ولمدة موسمين ثم في موسم 1990 ليلعب معه ستة مواسم ثم في موسم 1995–96 ليلعب معه أربعة مواسم، مشاركًا طوالها في 250 مباراة سجل خلالها 16 هدفًا. ثم انتقل إلى نادي هامبورغ في موسم 1988–89 ولمدة موسمين، حيث شارك في 47 مباراة ولم يسجل أي هدف. لينتقل بعدها إلى نادي أرسنال في موسم 1992–93 ليلعب معه أربعة مواسم، مشاركًا في 98 مباراة سجل خلالها هدفًا واحدًا. ثم انتقل إلى نادي هرفوليه في موسم 1999–00 واستمر معه طيلة ثلاثة مواسم، مشاركًا في 62 مباراة سجل خلالها هدفًا واحدًا أيضًا.[2]
