جاء نجاح غيليغان الكبير بعد انضمامه إلى مسلسل The X-Files التابع لشبكة فوكس التلفزيونية. كان غيليغان من المعجبين بالمسلسل حيث قدم للشبكة سيناريو فتم تحويله إلى حلقة في الموسم الثاني للمسلسل. بعد ذلك كتب غيليغان أكثر من 26 حلقة بالأضافة لكونه منتج تنفيذي مشارك لـ 44 حلقة، منتج منفذ لـ 40 حلقة، منتج مشارك لـ 24 حلقة، ومنتج مشرف لـ 20 حلقة.
Breaking Bad
يعرف غيليغان لتأليف، كتابة، إنتاج، واخراج مسلسل Breaking Bad. ترشح في 2008 لجائزة الإيمي عن فئة (أبرز إخراج في مسلسل درامي) لأخراجه الحلقة الاولى للمسلسل. وترشح أيضاً في 2012 لنفس الفئة أيضاً عن حلقة Face Off.
مسلسلات في مرحلة الإنتاج
في سبتمبر 2013 قامت Sony Pictures Television بالأعلان رسمياً عن إتفاق مع شبكة AMC من أجل إنتاج مسلسل مشتق من Breakin Bad بعنوان Better Call Saul، يركز على شخصية (سول غودمان) قبل أن يصبح محامي والتر.[1] لاحقاً من نفس الشهر، أعلنت Sony عن إبرام إتفاق مع شبكة CBS من أجل إنتاج مسلسل تلفزيوني جديد من تأليف غيليغان بعنوان،Battle Creek والمتوقع عرضه في خريف 2014. مسلسل مبني على نص كان غيليغان قد كتبه منذ 10 سنوات. طلبت CBS ثلاثة عشر حلقة من المسلسل.[2]