مرحلة خروج المغلوب في دوري أبطال أفريقيا 2016 سوف تلعب في الفترة من 16 سبتمبر إلى 23 أكتوبر 2016.[1] تتنافس ما مجموعه أربعة فرق في مرحلة خروج المغلوب لتحديد بطل دوري أبطال أفريقيا 2016.[2]
الفرق المتأهلة
تأهل الفائز والوصيف لكل من المجموعتين في مرحلة المجموعات إلى مرحلة خروج المغلوب.
في مرحلة خروج المغلوب، تلعب الفرق الأربعة مسابقة إقصاء أحادية. وتلعب المواجهات على أساس الذهاب والإياب من مباراتين. إذا كانت النتيجة الإجمالية متعادلة بعد مباراة الإياب، يطبق قانون الأهداف خارج الديار، وفي حال استمر التعادل، تستخدم ركلات الجزاء الترجيحية لتحديد الفائز (لا يتم خوض وقت إضافي).[2]