تأسس النادي عام 1969، بعد اندماج ثلاثة فرق محلية لكرة القدم وهي: الاتحاد والأهلي والشعب تحت اسم نادي عمان. كانت هذه الفرق الثلاثة تلعب إلى جانب الأهلي والعروبة في الدوري الإماراتي، لكنهم احتلوا المركز الأخير برصيد نقطة واحدة فقط.[2]
في أكتوبر 1982 تم تغيير اسم النادي إلى القادسية، وبعد ذلك بعامين في يوليو 1984 تم دمج القادسية مع الطليعة والنصر وأصبح النادي المعروف اليوم باسم نادي الإمارات الثقافي الرياضي.[3]
في 29 مايو 2011 أعلن في مؤتمر صحفي بحضور الشيخ أحمد بن صقر القاسمي رئيس نادي الإمارات والشيخ محمد بن كايد القاسمي رئيس نادي رأس الخيمة وبتوجيهات من الشيخ سعود بن صقر القاسمي حاكم رأس الخيمة عن دمج ناديي الإمارات ورأس الخيمة تحت اسم نادي الإمارات بشعار جديد وباللونين الأحمر والأبيض ليكون ممثلا لإمارة رأس الخيمة، وفي 11 يونيو 2011، أعلن عن التشكيل الجديد للنادي.[4]