في 22 يناير1808، وصل جواو وحاشيته إلي السلفادور العاصمة السابقة للمستعمرة. هناك، وقع الأمير جواو على اتفاق لافتتاح التجارة بين البرازيل و«الدول الصديقة» مثل المملكة المتحدة. هذا القانون الجديد، ومع انه، خرق الاتفاق الاستعماري الذي سمح للبرازيل للحفاظ على علاقات تجارية مباشرة مع البرتغال فقط. تمت مفاوضات سرية في لندن في عام 1807 من قبل السفير البرتغالي دومينغوس أنطونيو دي سوزا كوتينيو بضمان الحماية العسكرية البريطانية في مقابل حصول البريطانيين على الموانئ في البرازيلوماديرا كقواعد بحرية. .المفاوضات السرية مهدت الطريق لكوتينيو لقانون الأمير جواو وليؤتي ثماره في عام 1808.[1]
من بين التدابير الهامة التي اتخذها جواو السادس في السنوات التي قضاها في البرازيل خلق حوافز للتجارة والصناعة، مما يسمح للصحف والكتب التي سيتم طباعتها، وإنشاء مدرستين للطبابة، وإنشاء الأكاديميات العسكرية، وإنشاء أول بنك البرازيل. في ريو دي جانيرو أسس أيضا مصنع للبارود، وحديقة نباتية، وأكاديمية الفنون الجميلة(بالبرتغالية: Nacional de Belas Artes)، ودار الأوبرا (مسرح ساو جواو). ساهمت كل هذه التدابير في استقلال البرازيل عن البرتغال.
نظرا لغياب الملك والاستقلال الاقتصادي للبرازيل، ودخلت البرتغال أزمة سياسية حادة ملزمة جون السادس والأسرة المالكة للعودة إلى البرتغال في عام 1821. وريث جون السادس، بيدرو بقي في البرازيل. طالب البلاط البرتغالي بعودة البرازيل إلى الوضع السابق كمستعمرة وعودة ولي العهد إلى البرتغال. الأمير بيدرو، رفض العودة إلى البرتغال (9 يناير1822). جاء الاستقلال السياسي في 7 سبتمبر1822 وتوج الأمير إمبراطوراً في ريو دي جانيرو دوم بيدرو الأول، وانتهي 322 عاما من الهيمنة الاستعمارية البرتغالية على البرازيل، اعترفت البرتغال باستقلال البرازيل عنها بضغط من حليفتها بريطانيا عام 1825 من خلال معاهدة ريو دي جانيرو.