صيغ هذا المصطلح بواسطة سوسومو أونو[الإنجليزية] في عام 1979، وتبعا لتعريفه الجين المنظم الرئيسي لا يُنظم بواسطة أي جين آخر. في حالة أونو الجين الذي تحدث عنه له دور في تحديد الجنس.[2] لاحقا اكتُشفت جينات منظمة رئيسية في عمليات أخرى كذلك على سبيل المثال عامل النسخMyoD[الإنجليزية] الذي يحول الأرومة الليفية إلى خلية عضلية.[3]
انتُقد مفهوم المنظم الرئيسي لكونه "نموذجا مبسطا" يفشل في الأخذ بالاعتبار التأثيرات متعددة العوامل على مصائر بعض الخلايا.[8] حيث تجلى أن تعريف أونو غير صحيح فبعض الجينات الرئيسية تنظمها جينات أخرى. على سبيل المثال Mdm2[الإنجليزية] هو الجين المنظم الرئيسي لبروتين الورم بي53، في حين أن بي53 هو المنظم الرئيسي لعدة عمليات أخرى. SNAI1[الإنجليزية] هو المنظم الرئيسي لتحول الخلايا الظهارية إلى لحمية متوسطة وينظم بدوره بواسطة PAK1[الإنجليزية] عبر الفسفرة. كما توجد جينات رئيسية منظمة لها عدة مسارات. ولذلك يتم التخلي بازدياد على فكرة الجين المنظم الرئيسي الوحيد لصالح نموذج تآثر تلعب فيه عدة عوامل نسخ أدوارا متعددة.[9]
^ ابMattick، JS؛ Taft، RJ؛ Faulkner، GJ (يناير 2010). "A global view of genomic information--moving beyond the gene and the master regulator". Trends in Genetics. ج. 26 ع. 1: 21–8. DOI:10.1016/j.tig.2009.11.002. PMID:19944475.
^Long، JC؛ Caceres، JF (1 يناير 2009). "The SR protein family of splicing factors: master regulators of gene expression". The Biochemical Journal. ج. 417 ع. 1: 15–27. DOI:10.1042/BJ20081501. PMID:19061484.