في عهد حسين باي بدأ احتلال الجزائر، وكان للباي موقف محايد، حيث حذرته فرنسا قبل الاحتلال: «إن أردتَ الأمان على بلادك فكن في هذه النازلة حبيبا للفريقين، وإن أعنتَ الجزائر من البر تكون حربا لنا مثلها» [3] ثم أنه لما أتي مركب حربي عثماني ليعزل داي الجزائر حتى يجنبها الاحتلال، اعتذر له حسين باي عن السماح له بالنزول إلى البر [3] خوفا من أن تعتبر فرنسا ذلك مساعدة للجزائر. ويضيف ابن أبي الضياف بأن تلك المسألة «لا زالت في نفسه حاقطا على الباي يرددها لكل من يأتي من تونس».[3]