Pramení na Ašmjanské vysočině, 2 km na jih od vsi Michališki (běloruskyМіхалішкі). Na horním i dolním toku je členitá. 37 km jeho toku protéká na území Dzukijského národního parku. Je to pravý přítokNěmenu. Teče zpočátku na severoseverozápad, u vsi Paūdronys tvoří v krátkém úseku (necelé 2 km) státní hranici mezi Běloruskem a Litvou, potom se nakrátko vrací na území Běloruska a u Litevského města Tabariškės se stáčí na západ, protíná hranici a dále teče na území Litvy. Protéká obcemi (nebo v jejich těsné blízkosti) Turgeliai, Merkinė (ves), Jašiūnai, Rūdninkai, Baltoji Vokė, Dargužiai, Valkininkai, Senoji Varėna (Varėna), Perloja a u města Merkinė se vlévá do Němenu.
Zdroj vody je převážně podzemní. Nejvyšší průtoky jsou od března do května. Průměrný průtok ve vzdálenosti 14 km od ústí je 35,2 m³/s a maximální 498 m³/s. Průměrný spád je 67 cm/km, na dolním toku je spád ještě větší než průměrný a proto v peřejích dosahuje rychlosti toku 2 m/s. Led je na řece od prosince do března. Je nestálý a vydrží maximálně měsíc a půl.
Fauna, čistota
Podle údajů z roku 2006 je řeka Merkys jedna z nejčistších řek v Litvě (I. třída čistoty) a z nejrozmanitějších co do biologického osídlení. Mezi ním je třeba jmenovat především: