Byl patrně nejstarším synem Jana II. z Pernštejna a jeho první manželky Barbory z Valdštejna. Ta před rokem 1435 zemřela a Jan se následně oženil s Bohunkou z Lomnice, se kterou počali další potomky. Stejně jako jeho otec a nevlastní mladší bratr Vilém podporoval Zikmund českého krále Jiřího z Poděbrad.
Česko-uherské války
Od mládí se s Vilémem II. účastnil bojů česko-uherských válek na straně krále Jiřího proti uherskému králi Matyáši Korvínovi, který se snažil získat českou korunu. Kolem poloviny 60. let 14. století na něj jeho otec převedl hrad Zubštejn a přilehlé panství. V roce 1467 se dostal do zajetí krále Matyáše. Spolu s dalším zajatým, Janem z Košumberka, byli odvedeni do Brna a zde byli drženi. Kdy byl propuštěn, není známo. Jeho dcera Dorota se však narodila až v roce 1470, což naznačuje, že byl propuštěn nejpozději v roce 1469.
Počátkem roku 1470 byl znovu zajat, tentokrát Zdeňkem Konopišťským ze Šternberka, vůdcem Zelenohorské jednoty, když pobýval ve svém sídle na hradě v Polné. Otec Jan a bratr Vilém se snažili dosáhnout Zikmundova propuštění, neuspěli však ani po smrti Jiřího z Poděbrad v roce 1471. Politicky následně podporovali nově zvoleného českého a posléze i uherského krále Vladislava Jagellonského, který v letech 1471 a 1472 udělil určitá práva pro ženský klášter v Oslavanech a konvent Porta coeli v Tišnově, ležící na pernštejnských panstvích. Následně poskytli peníze na Zikmundovo propuštění. Matyáš Korvín však požadoval, aby Zikmund v konfliktu přestoupil na jeho stranu a pravděpodobně také, aby konvertoval ke katolicismu. Korvínův rádce, pozdější moravský biskupJan Filipec, se zavázal vyjednat Zikmundovo propuštění. Dne 14. listopadu 1472 podepsal Vilém II. z Pernštejna v Šoproni smlouvu, ve které stvdil Korvínovu podporu a podle níž měl být Zikmund propuštěn nejpozději 2. února 1473.
Úmrtí
Zikmundovo zdraví bylo však pravděpodobně podlomeno zajetím a ze znovu nabyté svobody se dlouho netěšil. Zemřel nejspíše ještě v roce 1473, ve věku asi 35 let.
Vdova Eliška z Boskovic získala jako vdovské sídlo hrad Zubštejn a nadále zde žila se svými malými dcerami. Již v roce 1473 se znovu provdala za Linharta z Guttenštejna a Zubštejn připadl jejímu prvnímu tchánovi Janu II. z Pernštejna.
Rodina
Zikmund z Pernštejna byl dvakrát ženatý. Jeho první manželka se jmenovala Eliška; o jejím pozadí není nic známo. S ní měl dceru Bohunku (zemřela po roce 1478). V roce 1437 oženil se svou druhou manželkou, Eliškou z Boskovic. S ní měl další tři dcery:
Kunka (okolo 1464 – po 1481), v lednu 1480 provdána za Jana Bočka Suchého Čerta z Kunštátu a Jevišovic, syna Jana III. Suchého Čerta z Kunštátu a Jevišovic
Dorota (asi 1470 – před 1488), provdána před rokem 1488 za Ctibora z Landštejna
Machna (Markéta, okolo 1472 – mezi 1515 a 1520), provdána roku 1488 za Petra staršího ze Žerotína a Šumperka († 1530)
KUTHAN, Jiří, Univerzita Karlova a Univerzita Karlova. Královské dílo za Jiřího z Poděbrad a dynastie Jagellonců, Díl první: Král a šlechta. Praha: Univerzita Karlova v Praze, Filozofická fakulta ve spolupráci s Katolickou teologickou fakultou UK ve vydavatelství Togga, 2010, s. 609. ISBN 978-80-7308-313-7. Dostupné online
PORÁK, Jaroslav a Jaroslav KAŠPAR. Ze starých letopisů českých. Praha: Svoboda, 1980, s. 194. Dostupné online
VOREL, Petr. Páni z Pernštejna : vzestup a pád rodu zubří hlavy v dějinách Čech a Moravy. Praha: Rybka Publishers, 1999. 318 s. ISBN80-86182-24-X.
Filip IV. († po 1348) • Atluš II. († 1355) • Vojtěch III. († po 1348) • Oneš († po 1353) • Jindřich († po 1365) • Vojtěch († po 1374) • Jimram VI. († po 1390) • Vaněk († po 1385) • Štěpán IV. († po 1368) • Jimram V. († po 1383) • Bolka († po 1386) • Ofka († po 1356) • Filip II. z Jakubova a Pernštejna (zmíněn 1345–1374) • Žibřid († po 1369) • Klára († po 1378) • Kačna († po 1360) • Anežka († po 1378)
9. generace
Štěpán VIII. († po 1385) • Filip II. († po 1392) • Jimram mladší († po 1391) • Vznata († asi 1378) • Žibřid II. († asi 1406) • Klára († po 1384) • Machna († po 1406) • Štěpán VII. († po 1371) • Bohuslav II. (zmíněn 1360–1386) • Blanka († po 1371) • Heralt • Markéta (zmíněna 1371–1392) • Smil († po 1390) • Vilém I. (asi 1360–1422/1426)
10. generace
Atlus († asi 1398) • Jan Žibřid II. (zmíněn 1415–1452) • Štěpán (asi 1380–1412/1415) • Bavor (asi 1395–1427/1434) • Magdalena († po 1406) • Kateřina • Jan II. (asi 1406–1475) • Anna (asi 1408 – po 1447)
11. generace
Jan († po 1447) • Kateřina (asi 1437–1449) • Zikmund (asi 1437–1473) • Vilém II. (1438–1521) • Jan III. (asi 1460–1478/1480) • Vratislav I. (asi 1463–1496) • Jimram (asi 1465–1481/1482)
12. generace
Bohunka (před 1463 – po 1478) • Kunka (asi 1464 – po 1481) • Dorota (asi 1470 – před 1488) • Markéta "Machna" (asi 1472–1515/1520) • Bohunka (1485–1549) • Jan IV. "Bohatý" (1487–1548) • Vojtěch (1490–1534)
13. generace
Ludvík (po 1508–1526) • Markéta (1514 – před 1529) • Johana (1516 – po 1532) • Kateřina (1518–1552) • Bohunka (asi 1519 – po 1534) • Anna (asi 1521 – po 1540) • Marie (1524–1566) • Veronika (po 1525–1529) • Jaroslav (1528–1560) • Vratislav II. "Nádherný" (1530–1582) • Vojtěch II. (1532–1561) • Kateřina (1534–1571)
14. generace
Johana (1556–1631) • Hedvika (1557 – po 1564) • Alžběta "Eliška" Isabela (1557–1610) • Hedvika (1559 † mláda) • Hyppolita (1560–1564) • Jan V. (1561–1597) • Anna Marie (1562 – před 1564) • Anna (1563 – před 1564) • Františka (asi 1565–1630/1635) • Polyxena (1566–1642) • Vilém (asi 1567 – před 1572) • Václav (asi 1569 – mlád po 1572) • Elvíra (asi 1571 – po 1628) • Beatrix (asi 1572 † mlád) • Vratislav (asi 1573 † mlád) • Vojtěch (asi 1574 † mlád) • Luisa (před 1575 † mlád) • Maxmilián (1575–1593) • Eleonora (asi 1576 † mláda) • Bibiana (asi 1578/1584–1616) • František (po 1579 † mlád)
