Bei den ostdeutschen Landtagswahlen am 14. Oktober 1990 erreichten unterschiedlich zusammengesetzte Wahlbündnisse den Einzug in alle Landtage außer in Mecklenburg-Vorpommern, wo sich das Neue Forum nicht an dem Wahlbündnis beteiligte. In Brandenburg waren die drei Bürgerbewegungen des Bündnis 90 allein angetreten, in den anderen Ländern waren auch die Grünen an den erfolgreichen Wahlbündnissen beteiligt. In Brandenburg war Bündnis 90 von 1990 bis 1994 an der „Ampelkoalition“, einer Regierung gemeinsam mit SPD und FDP, beteiligt.
Bei den 12. Bundestagswahlen am 2. Dezember 1990, den ersten im wiedervereinigtenDeutschland, stimmten 6,1 % der Wähler im Wahlgebiet Ost (1,2 % bundesweit) mit ihrer Zweitstimme für die Listenvereinigung „Bündnis 90/Grüne – Bürgerbewegung“ (B90/Gr), die mit acht ostdeutschen Abgeordneten in den Deutschen Bundestag einzog: Klaus-Dieter Feige, Ingrid Köppe, Gerd Poppe, Christina Schenk, Werner Schulz, Wolfgang Ullmann, Konrad Weiß und Vera Wollenberger. Dabei gehörten Feige und Wollenberger der ostdeutschen Grünen Partei an, während die anderen sechs von den verschiedenen Bürgerbündnissen kamen; die beiden wurden aufgrund der Fusion einen Tag darauf Mitglieder der gesamtdeutschen Grünen. Ihr westdeutscher Partner, Die Grünen, hatte den Einzug ins Parlament verfehlt. Werner Schulz übernahm die Funktion des Sprechers der gemeinsamen Bundestagsgruppe, die er die gesamte Legislaturperiode innehatte.
Am 21. September 1991 gründete sich die Partei Bündnis 90, indem sich Teile des Neuen Forums, Demokratie Jetzt und die Initiative Frieden und Menschenrechte vereinigten, laut Spiegel die drei wichtigsten DDR-Bürgerrechtsbewegungen.[1] Am 14. Mai 1993 erfolgte dann der Zusammenschluss mit der bereits seit Ende 1990 gesamtdeutschen Partei Die Grünen zur Partei Bündnis 90/Die Grünen.
Ein Teil des Brandenburger Landesverbandes plädierte gegen einen Zusammenschluss mit den Grünen, darunter Matthias Platzeck, Günter Nooke, Ute Platzeck, Peter Schüler, Manfred Kruczek und Gerd Gebhardt. Diese konnten sich aber nicht durchsetzen und gründeten das BürgerBündnis – mit Günter Nooke, Matthias Platzeck und Wolfgang Pohl an der Spitze. Platzeck und Pohl traten 1995 bzw. 1998 der SPD bei, Nooke 1996 der CDU.
Die Partei Bündnis 90/Die Grünen in Sachsen entstand bereits am 27. September 1991, eineinhalb Jahre vor dem Zusammenschluss auf Bundesebene.
Heinrich-Böll-Stiftung, Werner Schulz (Hrsg.): Der Bündnis-Fall: politische Perspektiven 10 Jahre nach Gründung des Bündnis 90. Edition Temmen, Bremen 2001, ISBN 3-86108-796-0.
Jan Wielgohs, Marianne Schulz, Helmut Müller-Enbergs: Bündnis 90. Entstehung, Entwicklung, Perspektiven. Ein Beitrag zur Parteienforschung im vereinigten Deutschland. GSFP, Berlin 1992, ISBN 3-929666-00-6.