Der Bajanchongor-Aimag erstreckt sich über sehr unterschiedliche Landschaftstypen. Im Norden nimmt er einen Teil des Changai-Gebirges ein.
Südlich davon liegt eine Ebene mit mehreren Salzseen. Daran schließt sich ein Abschnitt des Gobi-Altai-Gebirges an. Und schließlich folgt bis zur chinesischen Grenze die Ebene der Trans-Altai-Gobi.
Im Changai finden sich viele heiße Quellen, mit Temperaturen bis zu 50 °C. Die bekanntesten davon liegen bei Shargaldschuut, etwa 60 km nordöstlich der Aimag-Hauptstadt.
Die meisten Seen liegen in der zentralen Ebene. Da diese Ebene keinen Abfluss hat, handelt es sich immer um Salzseen. Die größten davon sind der Orog-Nuur und der Böön-Tsagaan-Nuur.
Der höchste Gipfel des Aimag ist der Ichee-Bogd im Gobi-Altai. Anders als im bewaldeten Changai herrscht in diesem Gebirge ein trockenes Wüstenklima. Wie die anschließende Gobi ist es deshalb nur sehr dünn besiedelt.
Verkehr
Der Flughafen von Bajanchongor (ZMBH/BYN) verfügt über zwei Landebahnen, eine davon befestigt. Er wird durch regelmäßige Inlandsflüge von und nach Ulaanbaatar bedient.