Die Série A startete am 19. August 1999 in ihre neue Saison und endete am 22. Dezember 1999. Die Meisterschaft wurde vom nationalen Verband CBF ausgerichtet. Während des Wettbewerbs trafen alle 22 Vereine der Série A anhand eines vor der Saison festgelegten Spielplans einmal aufeinander. Die besten acht Mannschaften trafen danach in einer KO-Runde nochmals in einer Partie aufeinander. Das Finale wurde dann in Hin- und Rückspielen. Die beiden besten Clubs aus Abschlusstabelle inklusive der Ergebnisse aus den KO-Spielen qualifizierten sich direkt für die Teilnahme an den internationalen Wettbewerben.
Am Ende der Saison gab es Rechtsstreitigkeiten um die Abstiegsplätze. Diese wurden nach einem Punktesystem vergeben, welches sich aus den erzielten Ergebnissen aus den Spielzeiten 1998 und 1999 ergaben. Demnach hätten absteigen sollen:
Die Vereine Botafogo FR und Internacional Porto Alegre legten aber Einspruch gegen Wertungen aus Spielen gegen den FC São Paulo ein. Dieser hatte den Spieler Sandro Hiroshi in den Begegnungen irregulär eingesetzt. Das Sportgericht gab diesen Einsprüchen recht und wertete die Spiele jeweils mit 1:0 für die Gegner von São Paulo. Dadurch gelang es dem Botafogo FR einen Nichtabstiegsplatz und es ergab sich die neue Wertung:
Neue Berechnung Absteiger
Der SE Gama, welcher dadurch auf einen Abstiegsplatz geriet, reichte dagegen Klage bei einem Zivilgericht ein. Dieses Gericht gab dem SE Gama Recht. Die FIFA verbot dem CBF aber, dass der SE Gama am nationalen Wettbewerb teilnehmen durfte, eben weil dieser Klage bei einem Zivilgericht und nicht einem Sportgericht erhoben hatte. Bis zum Start der nächsten Saison war die Situation nicht geklärt. Daraufhin erklärte sich der Clube dos 13 bereit den Wettbewerb für das Jahr 2000 auszurichten.
Nach der Saison wurden wie jedes Jahr Auszeichnungen an die besten Spieler des Jahres vergeben. Der „Goldenen Ball“, vergeben von der Sportzeitschrift Placar, ging an Marcelinho Carioca vom Meister SC Corinthians. Torschützenkönig mit 28 Treffern wurde Guilherme vom Atlético Mineiro.
Vorrunden-Tabelle
Die Tabelle weist die Ergebnisse aus, wie sie nach den Einsprüchen von Botafogo FR und Internacional Porto Alegre gewertet wurde.
Qualifiziert als Pokalsieger 1999 für die Copa Libertadores 2000
2
Der FC São Paulo liegt in der Tabelle vor dem Cruzerio EC, da São Paulo in der KO-Runde eine Runde weitergekommen war.
Qualifizierung Copa Libertadores 2000
In der ersten Runde waren qualifiziert die Mannschaften der Plätze 9. bis 16. Allerdings hier nur an Mannschaften die nicht in die Série B abstiegen. Diese betraf den SE Gama. Dadurch durfte Grêmio 18. als nächster Nichtabsteiger an der Qualifikation teilnehmen. Palmeiras war als Vorjahressieger der Copa Libertadores automatisch für diesen Wettbewerb gemeldet. Der Startplatz für die Qualifikation von Palmeiras wurde daher neu vergeben, an den Sieger eines Play-offs zwischen Sport Recife und Portuguesa.
In der zweiten Runde waren qualifiziert die Sieger Mannschaften aus der ersten Runde sowie die Mannschaften die im Viertelfinale der Meisterschafts-KO-Runde ausschieden.
Die KO-Runde und das Finale wurde nach der Regel "Best of three" ausgespielt.
