Nach Lehrstuhlvertretungen lehnte er einen ersten Ruf nach 1968 ab und wurde stattdessen ordentlicher Professor an den UniversitätenGraz (1968) und Hamburg (1969–1972). Seit 1972 war er als Nachfolger von Karl Larenz Professor für Bürgerliches Recht, Handels- und Arbeitsrecht sowie Rechtsphilosophie an der Universität München. Von seinem akademischen Lehrer Larenz übernahm er auch das Standardwerk zur Methodenlehre der Rechtswissenschaft.
Seit 1990 war Canaris ordentliches Mitglied der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, wo er von 1999 bis 2007 das Amt des Sekretars der philosophisch-historischen Klasse bekleidete und in dieser Position von 1999 bis 2005 das Amt des Vizepräsidenten wahrnahm.
Am 1. Oktober 2005 wurde Claus-Wilhelm Canaris emeritiert. Nachfolger auf seinem Münchener Lehrstuhl wurde sein Schüler Hans Christoph Grigoleit. Bereits aus Anlass seines 65. Geburtstages[3] widmeten ihm seine Schüler eine Festschrift mit dem Titel Kontinuität im Wandel der Rechtsordnung. Zu seinem 70. Geburtstag erschien eine weitere, zweibändige Festschrift, die 147 Beiträge aus dem In- und Ausland enthält. Zu seinem 80. Geburtstag wurde er nochmals durch eine umfangreiche Festschrift mit dem Titel Privatrechtsdogmatik im 21. Jahrhundert geehrt.[4] Canaris starb im März 2021 im Alter von 83 Jahren.[2]
1999 bis 2006: Sekretär der philosophisch-historischen Klasse der Bayerischen Akademie der Wissenschaften und Vizepräsident in den Jahren 1999, 2001, 2003 sowie 2005;
Die Feststellung von Lücken im Gesetz, Berlin 1964, 2., überarbeitete Auflage 1983, ISBN 978-3-428-05311-7.
Systemdenken und Systembegriff in der Jurisprudenz, entwickelt am Beispiel des deutschen Privatrechts, Berlin 1969, 2., überarbeitete Auflage 1983.
Die Vertrauenshaftung im deutschen Privatrecht, München 1971.
Bankvertragsrecht, Berlin und New York 1975, 2. Auflage 1981, 3. Auflage 1988, Band 1.
Recht der Wertpapiere, 12. Auflage, München 1986.
Lehrbuch des Schuldrechts Band II/2, 13. Auflage, München 1994.
Methodenlehre der Rechtswissenschaft, 3. Auflage, Berlin 1995.
Die Bedeutung der iustitia distributiva im deutschen Vertragsrecht (= Sitzungsberichte der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, Jahrgang 1997, Heft 7), München 1997.
Grundrechte und Privatrecht, Berlin, New York 1999.
Schuldrechtsmodernisierung 2002, München 2002.
Handelsrecht, 24. Auflage, München 2006.
Gesammelte Schriften, 3 Bände, herausgegeben von Hans Christoph Grigoleit und Jörg Neuner, Berlin 2012.
↑ abConstantin van Lijnden: Claus-Wilhelm Canaris gestorben. In: Frankfurter Allgemeine Zeitung. Nr.78, 3. April 2021, S.8.
↑Ingo Koller, Johannes Hager, Michael Junker, Reinhard Singer und Jörg Neuner (Hrsg.): Kontinuität im Wandel der Rechtsordnung. 2002, ISBN 978-3-406-49616-5.
↑Hans Christoph Grigoleit und Jens Petersen (Hrsg.): Privatrechtsdogmatik im 21. Jahrhundert. 2017, ISBN 978-3-11-046634-8.