Der Europapokal der Pokalsieger 1961/62 war die zweite Ausspielung des Wettbewerbs der europäischen Fußball-Pokalsieger. Erstmals wurde der Wettbewerb von der UEFA organisiert. 23 Klubmannschaften nahmen teil, darunter der Titelverteidiger und aktuelle italienische Pokalsieger AC Florenz, weitere 19 amtierende Pokalsieger und drei unterlegene Pokalfinalisten (Leicester City, Spartak Warna und Dynamo Žilina). Ungarn entsendete mit dem Újpesti Dózsa SC erneut den Vizemeister, da es einen landesweiten Pokalwettbewerb erst wieder ab 1964 gab.
Da das erste Finalspiel am 10. Mai 1962 im Hampden Park von Glasgow 1:1 endete und durch die bevorstehende Weltmeisterschaft keine Möglichkeit für ein zeitnahes Wiederholungsspiel bestand, wurde der Sieger erst vier Monate später bestimmt. Im Stuttgarter Neckarstadion setzte sich Atlético Madrid am 5. September gegen den Titelverteidiger AC Florenz mit 3:0 durch.
Die Teilnehmer spielten wie im Vorjahr im reinen Pokalmodus mit Hin- und Rückspielen den Sieger aus. Bei Torgleichstand nach Verlängerung im Rückspiel wäre es zu einem Entscheidungsspiel auf neutralem Platz gekommen. Die Auswärtstorregel galt noch nicht. Das Finale wurde ab dieser Saison in einem Spiel auf neutralem Platz entschieden. Allerdings wurde hier bei unentschiedenem Spielstand nach Verlängerung ein Wiederholungsspiel angesetzt, da ein Elfmeterschießen noch nicht vorgesehen war.
1. Runde
Die Hinspiele fanden vom 7. September bis 16. Oktober, die Rückspiele vom 27. September bis 18. Oktober 1961 statt.
Da den Jenaern infolge der Düsseldorfer Beschlüsse die Einreise nach Luxemburg verwehrt wurde, legte die UEFA letztlich fest, dass auch das Rückspiel in der DDR stattfinden sollte, da sich Düdelingen außer Stande sah, ein Spiel auf neutralem Boden zu finanzieren. Das Rückspiel fand am 19. Dezember 1961 in Erfurt statt.
Viertelfinale
Die Hinspiele fanden am 17. Januar und 13./21./22. Februar, die Rückspiele am 28./20./27. und 25. Februar 1962 statt.
Da den Jenaern infolge der Düsseldorfer Beschlüsse die Einreise nach Portugal verwehrt wurde, schlug Leixões SC vor, auch das Rückspiel in der DDR auszutragen. Das Rückspiel fand bereits am 25. Februar 1962 in Gera statt.
Halbfinale
Die Hinspiele fanden am 21./28. März, die Rückspiele am 11. April 1962 statt.
Da den Jenaern infolge der Düsseldorfer Beschlüsse die Einreise nach Spanien verwehrt wurde, entschied die UEFA, das Rückspiel im schwedischen Malmö auszutragen. Das Spiel fand am 11. April 1962 vor 6.000 Zuschauern statt.