Ab 1884 war er an der Universität Jena zunächst außerordentlicher, ab 1886 ordentlicher Professor. 1893 folgte er einem Ruf an die Universität Freiburg im Breisgau, wo er als Nachfolger seines Lehrers Hermann Paul Professor für deutsche Sprache und Literatur wurde.
Als einer der ersten Germanisten beschäftigte er sich sowohl in seinem Wörterbuch als auch in Einzelveröffentlichungen intensiv mit Standes- und Sondersprachen, etwa der Seemannssprache, den Gaunersprachen und der Studentensprache.
Von Luther bis Lessing. Sprachgeschichtliche Aufsätze. Trübner, Straßburg 1888 (und weitere drei Auflagen bis 1904; 5. Auflage: Quelle & Meyer, Leipzig 1918).
Deutsche Studentensprache. Trübner, Straßburg 1895 (Neuausgabe: Studentengeschichtliche Vereinigung des CC, Nürnberg 1984–1985).
Rotwelsches Quellenbuch. Trübner, Straßburg 1901 (Nachdruck: de Gruyter, Berlin 1987, ISBN 3-11-010783-X) – einziger erschienener Band einer geplanten Reihe Rotwelsch. Quellen und Wortschatz der Gaunersprache und der verwandten Geheimsprachen.
Unser Deutsch. Einführung in die Muttersprache. Vorträge und Aufsätze. Quelle & Meyer, Leipzig 1907 (und weitere fünf Auflagen bis 1958).
Seemannssprache. Wortgeschichtliches Handbuch deutscher Schifferausdrücke älterer und neuerer Zeit. Verlag der Buchhandlung des Waisenhauses, Halle a. d. Saale 1908 (Nachdruck der Ausgabe 1911: Hain, Meisenheim 1973, ISBN 3-920307-10-0).
Wortforschung und Wortgeschichte. Aufsätze zum deutschen Sprachschatz. Quelle & Meyer, Leipzig 1912.
Deutsche Sprachgeschichte. Werden und Wachsen unserer Muttersprache von ihren Anfängen bis zur Gegenwart, Quelle & Meyer, Leipzig 1920, online, 2. Aufl. 1925
Nominale Stammbildungslehre der altgermanischen Dialekte. Max Niemeyer, Halle (Saale) (3. Aufl., bearbeitet von Ludwig Sütterin und Ernst Ochs) 1926.
Literatur
Otto Behaghel (Hrsg.): Festschrift Friedrich Kluge zum 70. Geburtstage am 21. Juni 1926. Englisches Seminar, Tübingen 1926.