Die Saison 2012/13 der Regionalliga Bayern war die fünfte Spielzeit der Fußball-Regionalliga als vierthöchste Spielklasse und die erste der Regionalliga Bayern in Deutschland. Durch eine Ligenreform gab es in der Saison 2012/13 nicht mehr drei Staffeln einer Regionalliga, sondern fünf gleichrangige Ligen von fünf Verbänden.[1] Daher rührt auch die nun feste Ligazuteilung der Mannschaften je nach Verbandszugehörigkeit. Die Trägerschaft der Ligen ging vom DFB auf die Regional- und Landesverbände über.[2] Die Vereine der Regionalliga erhielten keine Fernsehgelder mehr. Eine ursprünglich geplante Obergrenze von maximal sieben zweiten Mannschaften der DFL-Vereine wurde von den Landesverbänden verworfen.[3] Zweite Mannschaften von Vereinen der 3. Liga dürfen maximal in der fünften Spielklasse (Oberliga) spielen, dritte Mannschaften besitzen generell kein Aufstiegsrecht zur Regionalliga.
Unter der Regionalliga wurde die Bayernliga auf zwei Staffeln erweitert.
Den Meistertitel sicherte sich die zweite Mannschaft des TSV 1860 München mit 80 Punkten und damit sieben Punkten Vorsprung auf die zweite Mannschaft des FC Bayern München. Den inoffiziellen Titel des Herbstmeisters hatte sich der FV Illertissen mit 38 Punkten gesichert. Durch den Meistertitel qualifizierten sich die Münchener für die Aufstiegsspiele zur 3. Liga, in denen sie in zwei Spielen am Südwest-Vertreter und -Vizemeister SV Elversberg scheiterten. Den Titel des Bayerischen Amateurmeisters für den bestplatzierten Verein, der keine zweite Mannschaft eines Profivereins war, errang der Drittplatzierte FV Illertissen, der sich damit gleichzeitig für die 1. Hauptrunde des DFB-Pokals der Saison 2013/14 qualifizierte.
Die Regionalliga Bayern mit 20 Teams setzt sich folgendermaßen zusammen:
den verbleibenden sechs Teams aus der Regionalliga aus dem Gebiet des Bayerischen Fußball-Verbandes: SpVgg Greuther Fürth II, FC Ingolstadt 04 II, 1. FC Nürnberg II, TSV 1860 München II, FC Bayern München II, FC Memmingen
den neun bestplatzierten Bewerbern aus der Bayernliga 2011/12: TSV 1860 Rosenheim, SpVgg Bayern Hof, SC Eltersdorf, TSV Buchbach, TSV Rain a. Lech, SV Seligenporten, VfL Frohnlach, FC Eintracht Bamberg, FC Ismaning
den Gewinnern der Relegation, an denen Vereine, die in der Bayernliga Platz 10 bis 15 oder Platz 1 bis 2 in der Landesliga belegten teilnahmen: SV Heimstetten, Würzburger Kickers, FC Augsburg II
Vereine, die im Freistaat Bayern beheimatet sind, anderen Verbänden angehörten und in ihrer Oberliga mindestens Rang 9 erreichten: FV Illertissen (Baden-Württemberg), Viktoria Aschaffenburg (Hessen)
Auf- und Abstiegsregelung
Aufstieg in die 3. Liga
Für den Aufstieg in die 3. Liga ist der Meister für die Teilnahme an den Aufstiegsspielen sportlich qualifiziert. Falls der Meister auf die Teilnahme an der Aufstiegsrunde verzichtet, muss ein eventueller Nachrücker mindestens den vierten Tabellenplatz belegt haben, um die sportliche Qualifikation zu erfüllen.
direkter Abstieg aus der Regionalliga Bayern
Am Ende der Saison steigen die drei letztplatzierten Vereine aus der Regionalliga Bayern ab.
direkter Aufstieg in die Regionalliga Bayern
Am Ende der Saison steigen die Meister der beiden Staffeln Nord und Süd der Bayernliga in die Regionalliga Bayern auf.
Qualifikationsrunde um den Verbleib/Aufstieg in die Regionalliga Bayern
Der 16. und der 17. der Regionalliga Bayern spielen in einer Qualifikationsrunde in Play-offs mit den beiden Zweiten der Bayernliga-Staffeln zwei Vereine aus, die in der Saison 2013/14 in der Regionalliga Bayern spielen werden.
Die Zweitmannschaften von Erst- und Zweitligisten durften nur Spieler einsetzen, die während des gesamten Spieljahres (1. Juli bis 30. Juni) nicht älter als 23 Jahre waren (U23). Somit waren in dieser Saison grundsätzlich nur Spieler spielberechtigt, die am oder nach dem 1. Juli 1989 geboren wurden. Darüber hinaus durften sich drei ältere Spieler gleichzeitig im Spiel befinden. Die Zweitmannschaften waren zudem nicht zur Teilnahme am DFB-Pokal berechtigt.
Kreuztabelle
Die Kreuztabelle stellt die Ergebnisse aller Spiele dieser Saison dar. Die Heimmannschaft ist in der linken Spalte, die Gastmannschaft in der oberen Zeile aufgelistet.