Hoffmann trat im Alter von vier Jahren zum ersten Mal in Werbefilmen vor die Kamera. Seit ihrem Filmdebüt 1989 als Kevin Costners Filmtochter in Feld der Träume, für das sie mit dem Young Artist Award ausgezeichnet wurde, drehte sie ein Jahrzehnt lang regelmäßig Filme für Kino und Fernsehen, war eine der meistbeschäftigten Kinderdarstellerinnen ihrer Zeit und wurde weitere fünf Male für den Young Artist Award nominiert.
Seit 2001 war sie, bis auf eine Gastrolle in der Serie Criminal Intent, nicht mehr besonders aktiv. Erst 2007 spielte sie wieder eine Rolle in dem Kinofilm Severed Ways. In einem Dokumentarfilm von Abel Ferrara über das New Yorker Chelsea Hotel aus dem Jahr 2008 ist sie ebenfalls zu sehen. 2011 war sie in einer Episodenrolle in einer Folge der Serie Private Practice zu sehen.
Ab 2014 spielte sie die Rolle der Ali in der mehrfach für den Emmy nominierten Dramedy-Serie Transparent.
Gaby Hoffmann ist die Tochter der Schauspielerin und ehemaligen Warhol-Superstars Susan Hoffman alias Viva. Ihre ältere Halbschwester Alexandra Auder, aus der Ehe ihrer Mutter mit dem französischen Filmemacher Michel Auder, ist ebenfalls Schauspielerin.
Sie wuchs in New York City auf, wo sie im Chelsea Hotel lebte. Später zog ihre Familie nach Woodland Hills bei Los Angeles.
