Coccejus wurde 1601 als Sohn von Stadtsekretär Timan Coch (1573–1637) und Elisabeth Bake (1582–1629) in Bremen geboren. Er studierte zunächst am Paedagogium und am Gymnasium illustre in seiner Heimatstadt, später dann an den Universitäten Rostock, Köln und Frankfurt/Oder.
1628 wurde Coccejus in Straßburg zum Doctor iuris utriusque (‚Doktor beider Rechte‘) promoviert, kehrte nach Bremen zurück und wurde Syndikus am Stephanikapitel. 1630 heiratete er Kunigunde Holle (1609–1682), Tochter des Eltermanns Hermann Holle. Im gleichen Jahr trat er eine Stelle als Professor der Rechte am Gymnasium illustre an. 1640 wurde er Ratsherr.
In der Folgezeit war Coccejus als Vermittler zwischen Geldern und dem Herzogtum von Neuburg tätig. Nach Streitigkeiten im Bremer Rat legte er im Jahr 1654 sein Amt nieder und ging als Berater des Fürsten von Ostfriesland nach Aurich. Ein Jahr später wurde er Professor der Rechte in Groningen, 1660 verstarb er in Bremen.
Gerhard Coccejus war ein Bruder des bekannten Theologen Johannes Coccejus.
Ehrungen
Die Coccejusstraße in Bremen-Schwachhausen wurde nach den Brüdern benannt.