Bekannt wurde er aber nach dem Zweiten Weltkrieg als Schöpfer einer Reihe von protestantischen Kirchenbauten, darunter die Matthäuskirche und die Markuskirche in München. In letztgenanntem Werk beseitigte Gsaenger Baubestandteile des neogotischen Vorgängerbaus, darunter den Turm, der den Zweiten Weltkrieg überstanden hatte. Daneben entwarf er Kirchenbauten unter anderem für die Städte Wolfsburg, Sulzbach-Rosenberg, Waldkraiburg, Dachau, Schwandorf, Dingolfing und Ingolstadt. Für den Wiederaufbau der kriegszerstörten Kreuzkirche in Kassel fand er eine originelle Lösung. Das Motiv des Turms der Kreuzkirche ist auch in Schwandorf, Erlangen und Dingolfing erkennbar.
Der Erweiterungsbau des Münchner Stadtmuseums am Jakobsplatz und der Wiederaufbau des Klostertraktes der Theatinerkirche in München gehören ebenfalls zu seinen Werken.
Die Malerin Angela Gsaenger (1929–2011[1][2]) war die Tochter Gustav Gsaengers. Sie wirkte bei mehreren seiner Kirchenbauten künstlerisch mit, indem sie Altarbilder, Altar-Rückwände und Fenster gestaltete.[3][4][5]
↑W. Nerdinger, C. Stölzl, G. Whetten-Indra (Hrsg.): Die Zwanziger Jahre in München. Katalog zur Ausstellung im Münchner Stadtmuseum. Lipp, München 1979, DNB790687313, S.399.