Der Sohn des einflussreichen Senators José Martiano de Alencar war einer der bedeutendsten Vertreter der brasilianischen Romantik. Von 1840 bis 1850 studierte er in Rio de Janeiro, São Paulo und Pernambuco Rechtswesen und wurde dann in Rio de Janeiro sesshaft, wo er für diverse Zeitschriften schrieb. Als ihm das Publizieren einiger Artikel im Correio Mercantil verwehrt wurde, beschloss er, fortan sein eigener Herr zu sein und kaufte mit einigen Freunden die Zeitung Diario do Rio de Janeiro auf. Hier veröffentlichte er als Chef-Redakteur seine ersten Romane Cinco Minutos (1856) und A viuvinha (1857). Im Jahre 1857 erschien eines seiner wohl bedeutendsten Werke, O Guarani, erster Teil einer Trilogie über die indigene Bevölkerung Brasiliens, dem 1865 Iracema, ein identitätsstiftender Roman für das brasilianische Volk, und 1874 Ubirajara folgen sollten.
Alencar war überzeugter Brasilianer und hat sich in seinem Werk für die Unabhängigkeit seines Heimatlandes eingesetzt. So war es zweifelsohne ein persönlicher Höhepunkt, als er 1877 unter Dom Pedro II., dem zweiten Kaiser des seit 1822 offiziell unabhängigen Brasilien, zum Justizminister aufstieg. Dieses Amt konnte er allerdings nur eine kurze Zeit lang ausüben, weil er aufgrund einer Tuberkulose-Erkrankung am 12. Dezember 1877 starb.
Nach ihm benannt wurden in Fortaleza der Praça José de Alencar und das an diesem Platz liegende historische Teatro José de Alencar sowie eine U-Bahn-Station der Metrô de Fortaleza.
