Die Moonsund-Inseln werden im Osten durch den Moon-Sund (estn. Väinameri) vom estnischen Festland getrennt.
Im Süden werden sie durch die Irbe-Straße, als westliche und größte Ausfahrt der Rigaer Bucht vom lettischen Festland getrennt.
Meerengen
Die größeren Inseln werden von folgenden Meerengen voneinander getrennt:
Voosi kurk zwischen dem Festland (Halbinsel Noarootsi) und Vormsi
Hari kurk (Moon-Sund) zwischen Vormsi und Hiiumaa
Soela väin (Sele-Sund) zwischen Hiiumaa und Saaremaa
Muhu und Saaremaa verbindet ein 3,6 km langer Damm (Väinatamm), der auch mit Autos befahrbar ist. Er wurde am 27. Juli 1896 nach zwei Jahren Bauzeit eingeweiht. Über eine dauerhafte Verbindung zwischen dem Festland und der Insel Muhu über den Suur väin wird derzeit in Estland heftig debattiert.