Cooke kam aus einer Familie von Kaufleuten, wurde privat von einem Onkel erzogen und ging in die Kaufmannslehre, bevor er Angestellter in einer Anwaltskanzlei wurde. Sein Hauptinteresse galt der Botanik. 1862 gründete er die Society of Amateur Botanists. Er war 1865 bis 1895 Herausgeber (mit Edward Step (1855–1931)) der monatlich erscheinenden populärwissenschaftlichen Zeitschrift Hardwicke´s Science Gossip und 1872 bis 1892 der monatlichen Zeitschrift Grevillea für Kryptogamen-Freunde, in der er auch viele der Artikel schrieb. Ein Jahr nachdem er die Herausgeberschaft abgegeben hatte, stellte sie ihr Erscheinen ein. 1865 gründete er den Quekett Microscopical Club. Er lehrte Naturgeschichte an der Holy Trinity National School in Lambeth und war ab 1860 Kurator des India Museum im India Office. Als deren botanische Sammlung 1879 der des Botanischen Gartens in Kew angeschlossen wurde, ging Cooke gleich mit und wurde dort Kurator für Kryptogamen. 1892 ging er dort in den Ruhestand (sein Nachfolger war George Edward Massee). Er war Autor zahlreicher Bücher über Pflanzen und Pilze und andere biologische Themen.
Er hatte ein Herbarium von 46.000 Arten und 25.000 Tafeln von Pilzen, das später an den Royal Botanic Gardens (Kew) ging.[1]
The Seven Sisters of Sleep. Popular history of the seven prevailing narcotics of the world, James Blackwood, London, 1860
A Manual of Structural Botany: for the use of classes, schools, & private students ... With upwards of 200 illustrations by Ruffle, Robert Hardwicke, London, 1861, Neuauflage 1877
A Manual of Botanic Terms ... With illustrations, Robert Hardwicke, London, 1862, new edition in 1873
The fungi of Brazil, including those collected by J. W. H. Trail in 1874, in: The Journal of the Linnean Society, Botany 1877.
Index Fungorum Britannicorum. A complete list of fungi found in the British Islands to the present date, etc., Robert Hardwicke, London, 1863 doi:10.5962/bhl.title.119271
Our Reptiles. A plain and easy account of the lizards, snakes, newts, toads, frogs, and tortoises indigenous to Great Britain. With original figures of every species, and numerous woodcuts, Robert Hardwicke, London, 1865, Neuausgabe 1893 W.H. Allen & Co., London doi:10.5962/bhl.title.10615doi:10.5962/bhl.title.33106
Report on the Gums, Resins, Oleo-Resins, and Resinous Products in the India Museum, or produced in India. Prepared under the direction of the Reporter on the Products of India, London, 1874
Report on the Oil Seeds and Oils in the India Museum, or produced in India. Prepared under the direction of the Reporter on the Products of India, London, 1876
Mycographia, seu Icones fungorum. Figures of fungi from all parts of the world, drawn and illustrated by M. C. Cooke, Williamsz & Norgate, London, 1875 and 1879
Illustrations of British Fungi... To serve as an atlas to the Handbook of British Fungi, 8 Bände, Williams & Norgate, London, 1881 bis 1891 (1200 Farbtafeln von Cooke, Massee u. a.) doi:10.5962/bhl.title.31343
Vegetable Wasps and Plant Worms. A popular history of entomogeneous fungi or fungi parasitic upon insects... With... illustrations, Society for Promoting Christian Knowledge, London, 1892 doi:10.5962/bhl.title.34922
Romance of Low Life amongst Plants. Facts and phenomena of cryptogamic vegetation, Society for Promoting Christian Knowledge, London, 1893 doi:10.5962/bhl.title.5404
Außerdem veröffentlichte er über 300 wissenschaftliche Aufsätze. Er war Übersetzer und Herausgeber von The Myxomycetes of Great Britain von Joszef Tomasz Rostafinski (1877) doi:10.5962/bhl.title.1648.
Literatur
Mary P. English: Mordecai Cubitt Cooke, Victorian Naturalist, Mycologist, Teacher & Eccentric, Biopress, Bristol 1987
Geoffrey C. Ainsworth: Brief Biographies of British Mycologists (Herausgeber John Webster und David Moore), British Mycological Society 1996.