Das Reservat besteht aus vier voneinander getrennten Teilgebieten. Im Folgenden die Teilgebiete:
Zone 1 (-0.78845-79.03773) – das größte Teilgebiet liegt westlich und nordwestlich des Kratersees Quilotoa und wird über den Río Toachi entwässert
Zone 2 (-0.55559-78.70807) – umfasst die Vulkane Illiniza (5263 m⊙-0.66257-78.715885263) und Corazón (4790 m⊙-0.53662-78.669284790)
Zone 3 (-0.85769-78.90377) – umfasst den Kratersee Quilotoa
Zone 4 (-1.0113-79.06359) – liegt im Süden; die Zone wird durch einen Korridor, durch welchen die Straße von Latacunga über La Maná nach Quevedo führt, von der weiter nördlich gelegenen Zone 1 getrennt