2012 wurde er Professor für Grundlagen der Sozialwissenschaften am Institut für Politikwissenschaft der Georg-August-Universität Göttingen, außerdem stellvertretender Leiter des Instituts. Zu seinen akademischen Schülern gehörten dort u. a. Lars Geiges und Janne Mende.[5] Ende 2015 erhielt er den Preis des Stiftungsrates der Universität für seinen internationalen Wissenstransfer auf den Feldern Demokratie, Rechtsextremismus, Kritik am Antisemitismus und Rassismus sowie zur Aufarbeitung der Tätigkeit der Staatssicherheit in Niedersachsen.[6] Er war Sachverständiger der 2015 bis 2018 bestehenden Enquetekommission „Verrat an der Freiheit – Machenschaften der Stasi in Niedersachsen aufarbeiten“ des Niedersächsischen Landtages.[7] Obwohl der Sozialwissenschaftliche Fakultätsrat im Dezember 2015 dafür plädiert hatte, verlängerte die Hochschulleitung den Vertrag nicht.[8] Der Fachschaftsrat protestierte in einem offenen Brief dagegen[9] und sprach von einer „politischen Motivation“.[10] Universitätspräsidentin Ulrike Beisiegel begründete das Vorgehen damit, dass eine Verlängerung bei einer Erstberufung wie im Falle Salzborns nach Niedersächsischem Hochschulgesetz nicht zulässig sei, was sie bedauere.[11] Dem widersprach das Niedersächsische Wissenschaftsministerium: Die Universität hätte Salzborn gemäß Niedersächsischem Hochschulgesetz im Rahmen der Selbstverwaltung der Hochschulen als „Ausnahmefall“ dauerhaft berufen können.[12]
2020 wurde Salzborn Antisemitismusbeauftragter des Landes Berlin.[14] Er übernahm das Amt von dem bisherigen kommissarischen Beauftragten Lorenz Korgel.[15]
Salzborn war Vertrauensdozent der gewerkschaftsnahen Hans-Böckler-Stiftung, Associated Fellow am Lichtenberg-Kolleg (Göttingen) und Mitglied der Redaktion der Politischen Vierteljahresschrift. Außerdem ist er Herausgeber in den Buchreihen „Interdisziplinäre Antisemitismusforschung/Interdisciplinary Studies on Antisemitism“, „Staat – Souveränität – Nation. Beiträge zur aktuellen Staatsdiskussion“ und „Politische Kulturforschung“.
Zum Thema „Nichtaufarbeitung des Nationalsozialismus“ erschien im Jahre 2020 sein Buch Kollektive Unschuld. Die Abwehr der Shoah im deutschen Erinnern. Salzborn schreibt, dass im bundesdeutschen Selbstbild immer schon die Geschichte der Schuld- und Erinnerungsabwehr, der Täter-Opfer-Umkehr, der Selbststilisierung als Opfer und der antisemitischen Projektion ausgeblendet worden sei. Eine (selbst-)kritische Aufarbeitung der Vergangenheit habe auch 75 Jahre nach der Niederschlagung des Nationalsozialismus auf gesellschaftlicher Ebene kaum stattgefunden: Durch die Abwehr der Shoah im deutschen Erinnern manifestiere sich vielmehr ein Selbstbild, das um den Mythos kollektiver Unschuld kreist. Die Aufarbeitung der NS-Vergangenheit, der Abschied vom eigenen Opfermythos und die Auseinandersetzung mit der antisemitischen Täterschaft in so gut wie allen Familiengeschichten der Bundesrepublik seien die größte Lebenslüge der Bundesrepublik: der Glaube an eine tatsächliche Aufarbeitung der Vergangenheit.
Grenzenlose Heimat. Geschichte, Gegenwart und Zukunft der Vertriebenenverbände (= Antifa-Edition). Elefanten Press, Berlin 2000, ISBN 3-88520-770-2.
Heimatrecht und Volkstumskampf. Außenpolitische Konzepte der Vertriebenenverbände und ihre praktische Umsetzung. Mit einem Vorwort von Wolfgang Kreutzberger, Offizin, Hannover 2001, ISBN 3-930345-28-5.
Ethnisierung der Politik. Theorie und Geschichte des Volksgruppenrechts in Europa (= Campus Forschung. Bd. 880). Campus, Frankfurt am Main u. a. 2005, ISBN 3-593-37879-5.
Geteilte Erinnerung. Die deutsch-tschechischen Beziehungen und die sudetendeutsche Vergangenheit (= Die Deutschen und das östliche Europa. Bd. 3). Lang, Frankfurt am Main u. a. 2008, ISBN 978-3-631-57308-2.
Antisemitismus als negative Leitidee der Moderne. Sozialwissenschaftliche Theorien im Vergleich. Campus, Frankfurt am Main u. a. 2010, ISBN 978-3-593-39187-8.
Wehrlose Demokratie? Antisemitismus und die Bedrohung der politischen Ordnung. Hentrich & Hentrich Verlag, Leipzig 2024, ISBN 978-3-95565-642-3.[22]
Herausgeberschaften
Minderheitenkonflikte in Europa. Fallbeispiele und Lösungsansätze. StudienVerlag, Innsbruck-Wien-Bozen 2006, ISBN 978-3-7065-4181-7.
Politische Kultur. Forschungsstand und Forschungsperspektiven (= Politische Kulturforschung. Bd. 1). Lang, Frankfurt am Main u. a. 2009, ISBN 978-3-631-58019-6.
Kritische Theorie des Staates. Staat und Recht bei Franz L. Neumann (= Staatsverständnisse. Bd. 25). Nomos, Baden-Baden 2009, ISBN 978-3-8329-4523-7.
mit Rüdiger Voigt: Souveränität. Theoretische und ideengeschichtliche Reflexionen (= Staatsdiskurse. Bd. 10). Steiner, Stuttgart 2010, ISBN 978-3-515-09735-2.
Der Staat des Liberalismus. Die liberale Staatstheorie von John Locke (= Staatsverständnisse. Bd. 31). Nomos, Baden-Baden 2010, ISBN 978-3-8329-4500-8.
mit Hans-Christian Petersen: Antisemitism in Eastern Europe. History and present in comparison (= Politische Kulturforschung. Bd. 5). Lang, Frankfurt am Main u. a. 2010, ISBN 978-3-631-59828-3.
Staat und Nation. Die Theorien der Nationalismusforschung in der Diskussion (= Staatsdiskurse. Bd. 13). Steiner, Stuttgart 2011, ISBN 978-3-515-09806-9.
mit Eldad Davidov, Jost Reinecke: Methods, theories, and empirical applications in the social sciences. Festschrift for Peter Schmidt. Springer VS, Wiesbaden 2012, ISBN 978-3-531-17130-2.
„... ins Museum der Altertümer“. Staatstheorie und Staatskritik bei Friedrich Engels (= Staatsverständnisse. Bd. 47). Nomos, Baden-Baden 2012, ISBN 978-3-8329-5797-1.
Klassiker der Sozialwissenschaften. 100 Schlüsselwerke im Portrait. Springer VS, Wiesbaden 2014, ISBN 978-3-658-03473-3.
mit Dana Ionescu: Antisemitismus in deutschen Parteien (= Interdisziplinäre Antisemitismusforschung. Bd. 2). Nomos, Baden-Baden 2014, ISBN 978-3-8487-0555-9.
Zionismus. Theorien des jüdischen Staates (= Staatsverständnisse. Bd. 76). Nomos, Baden-Baden 2015, ISBN 978-3-8487-1699-9.
mit Holger Zapf: Krieg und Frieden. Kulturelle Deutungsmuster (= Politische Kulturforschung. Bd. 10). Lang, Frankfurt am Main 2015, ISBN 978-3-631-65182-7.
Antisemitismus seit 9/11. Ereignisse, Debatte, Kontroversen, Nomos, Baden-Baden 2019, ISBN 978-3-8487-5417-5.
Schule und Antisemitismus. Politische Bestandsaufnahme und pädagogische Handlungsmöglichkeiten. Beltz Juventa, Weinheim, Basel, 2020, ISBN 978-3-7799-6259-5.
Monumentaler Antisemitismus? Das Berliner Olympiagelände in der Diskussion. Nomos, Baden-Baden 2024, ISBN 978-3-7560-0633-5.
↑GK: Salzborn, Samuel: Ethnisierung der Politik. Theorie und Geschichte des Volksgruppenrechts in Europa [Rezension]. In: Zeitschrift für Politikwissenschaft 3/2006, S. 1185.
↑Samuel Salzborn: Antisemitismus als negative Leitidee der Moderne. Sozialwissenschaftliche Theorien im Vergleich. Frankfurt am Main 2010, S. 9.
↑Siehe Autorenverzeichnis: Gideon Botsch, Olaf Glöckner, Christoph Kopke, Michael Spieker (Hrsg.): Islamophobie und Antisemitismus – ein umstrittener Vergleich (= Europäisch-jüdische Studien, Kontroversen. Bd. 1). De Gruyter, Berlin u. a. 2012, ISBN 978-3-11-026510-1, S. 257.
↑Der Fall des Samuel Salzborn. In: Die Tageszeitung: taz. 10. September 2016, ISSN0931-9085, S.57 ePaper 45 Nord (taz.de [abgerufen am 12. Juni 2021]).
↑Samuel Salzborn: Grenzenlose Heimat. Geschichte, Gegenwart und Zukunft der Vertriebenenverbände. Berlin 2000, S. 210.
↑Samuel Salzborn, juedische-allgemeine.de, abgerufen am 11. Dezember 2015.
↑Samuel Salzborn, Abwehr der Erinnerung, Jüdische Allgemeine, 8. Mai 2020. Abgerufen am 10. Mai 2020.
↑Julien Reitzenstein: Demokratie und Antisemitismus: Im Sinne der Demokratie. In: Die Tageszeitung: taz. 20. Februar 2024, ISSN0931-9085 (taz.de [abgerufen am 11. Januar 2025]).