Das Gebiet des Seebezirks umschliesst die bernischeExklaveMünchenwiler und hat mit Wallenbuch (Teil der Gemeinde Gurmels, bis Ende 2002 selbständig) eine Enklave im Kanton Bern. Bis Ende 2021 grenzte der Bezirk auch an Clavaleyres, die am 1. Januar 2022 mit dem Hauptort Murten fusionierte und eine bernische Exklave im Grenzgebiet der Kantone Freiburg und Waadt war.
Eine Fläche von 2,57 km² im Staatswald Galm ist keiner Gemeinde zugeordnet und untersteht der direkten Oberhoheit des Kantons.