Courtois war in den frühen 1970er Jahren ein militanter Maoist.[1] Er ist Directeur de recherche des CNRS am „Groupe d’Étude et d’Observation de la Démocratie“ der Universität Paris X in Nanterre sowie seit 1982 Mitgründer und Redakteur der wissenschaftlichen Zeitschrift Communisme.
Courtois wurde 1997 als Herausgeber des Schwarzbuches des Kommunismus bekannt, welches ein Jahr später auch in deutscher Übersetzung veröffentlicht wurde.
2004 erschien in Deutschland das Schwarzbuch des Kommunismus 2, das weitere der früher im Ostblock unter sowjetischerHegemonie stehenden Länder detailliert behandelt.