Mussil wurde am 16. Juli 1952 als Sohn von Herbert Waldemar und Hertha Mussil (geb. Vukovits) geboren. Nach dem Besuch des Gymnasiums studierte Mussil an der Höheren Graphischen Bundes-Lehr- und Versuchsanstalt in Wien – Abteilung Photographie und Film (bei den Professoren Hartmann und Schwingenschlögl). Danach entstanden die Arbeiten "Netzhauttöter" (1970), "Vasarely" (1971) und "Bazooka" (1972).
1972 war er Mitbegründer der Graphiennale. Später absolvierte er an der Fachhochschule Bielefeld im Fachbereich Gestaltung Fotodesign (bei den Professoren Karl Martin Holzhäuser und Gottfried Jäger) und Malerei. Es folgten diverse Ausstellungen von Malerei und fotografischen Arbeiten. Ferner arbeitete er als Werbefotograf. Von 1974 bis 1981 war er zudem beim ORF angestellt.
1982 gründete er die Stephan Mussil Filmproduktion. Er drehte zahlreiche Dokumentar-, Werbe-, Industrie- und Spielfilme sowie Musikvideos und nahm nebenbei mehrere Lehrtätigkeiten wahr.
Mussil versteht die Kamera nicht nur als technisches, sondern vielmehr als psychologisches Instrument. Demzufolge sind der Dialog zwischen den Protagonisten und der Kamera, Prozesse und Choreografisches in einer Einstellung ebenso wichtig wie das Handwerkliche und Künstlerische, beispielsweise Licht, Perspektive, Brennweite, Schwenk-Rhythmus und Bildausschnitt.
