Er erwarb großen Reichtum als Reeder und Kaufmann im Handel mit Spanien, Portugal und der sommerlichen Grönlandfahrt. Von 1684 bis 1687 war er Ältermann der Kaufleutekompanie. 1692 wurde er Ratsherr und 1695 Kreditgeber der Stadt mit einem „Vorschuss“ von 100.000 Lübischen Mark.
Seit 1680 Kirchenvorsteher der Marienkirche auf Lebenszeit, stiftete Fredenhagen 1697 den als Fredenhagen-Altar bekannten barockenHochaltar aus Marmor, der von Thomas Quellinus aus Antwerpen geschaffen, im Zweiten Weltkrieg schwer beschädigt und 1959 abgebaut wurde. Es handelte sich damals um die größte Stiftung an eine Lübecker Kirche seit der Reformation. Durch eine in den Sockel eingebaute Gruft diente der Altar gleichzeitig als Fredenhagens Grabmal: „Der Altar genügte nicht nur den liturgischen und repräsentativen Ansprüchen der Kirche, sondern fungierte zugleich als Erinnerungs- und Grabmal für den Stifter. [...] Die Kopplung von Altarstiftung und Grablege in einer protestantischen Kirche ist bis zu diesem Zeitpunkt einmalig.“[1]
Porträts von Thomas Fredenhagen und seiner ersten Ehefrau Katharina, geb. Millies, verw. Hasenkrug († 1693), gemalt 1675 von Godfrey Kneller befinden sich im St. Annen Museum. 1696 heiratete er in zweiter Ehe Elisabeth Hopmann, die Witwe des Predigers an St. Ägidien und Tochter des Superintendenten Samuel Pomarius. Sie starb am 27. November 1708.
Theodor Gaedertz: Rathsherr Thomas Friedenhagen und der von ihm gestiftete Hochaltar in der St. Marienkirche zu Lübeck, in: Ders: Kunststreifzüge. Gesammelte Aufsätze aus dem Gebiete der bildenden Kunst und Kunstgeschichte. Lübeck: Max Schmidt 1889, S. 213–223 (Digitalisat).
Susanne Hecht: Der Fredenhagen-Altar in der Lübecker Marienkirche, Magisterarbeit, Berlin 2004.
Cornelia Meyer-Stoll: Die lübeckische Kaufmannschaft des 17. Jahrhunderts unter wirtschafts- und sozialgeschichtlichen Aspekten. (Europäische Hochschulschriften, Reihe 3: Geschichte und ihre Hilfswissenschaften, Band 399), Frankfurt/M., Bern, New York, Paris: Peter Lang ISBN 978-3-631-41905-2.
Karen Michels: Der verborgene Schatz. Das Fredenhagenzimmer zu Lübeck. Wachholtz Verlag, Kiel/Hamburg 2022, ISBN 978-3-529-05072-5.