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Der Nachlass von Werner Rauh befindet sich zum größten Teil (Feldbücher, Photographien und Diasammlung) bei Rauhs Schüler Wilhelm Barthlott in Bonn. Ein kleinerer Teil (Expeditionstagebücher, Sonderdrucksammlung, Manuskripte) sowie der größte Teil von Rauhs Herbarmaterial, darunter Hunderte von Typusaufsammlungen, befindet sich im Botanischen Garten und Herbarium Heidelberg. Dort wird sein Nachlass seit 2009 im „Werner Rauh Heritage Project“, das von der Klaus Tschira Stiftung finanziert wird, systematisch aufgearbeitet.
Morphologie der Nutzpflanzen. 2. Auflage. Quelle & Meyer–Verlag, Heidelberg 1950.
Schöne Kakteen und andere Sukkulenten (= Winters naturwissenschaftliche Taschenbücher. Bd. 31, ZDB-ID 521590-0). Winter, Heidelberg 1967 (2., völlig überarbeitete Auflage. Bornträger, Berlin u. a. 1978, ISBN 3-443-25331-8; auch als: Die 100 schönsten Kakteen (= Humboldt-Taschenbücher 370 Praktischer Ratgeber). Gekürzte Taschenbuchausgabe. Humboldt-Taschenbuchverlag, München 1980, ISBN 3-581-66370-8).
Bromelien. Für Zimmer und Gewächshaus. 2 Bände (Bd. 1: Die Tillandsioideen. Bd. 2: Die Bromelioideen und Pitcairnioideen.). Ulmer, Stuttgart 1970–1973, ISBN 3-8001-6007-2 (Bd. 2), (2., neubearbeitete Auflage als: Bromelien. Tillandsien und andere kulturwürdige Bromelien. ebenda 1981, ISBN 3-8001-6029-3; 3., neubearbeitete und erweiterte Auflage. ebenda 1990, ISBN 3-8001-6371-3).
Die grossartige Welt der Sukkulenten. Anzucht und Kultur sukkulenter Pflanzen mit Ausnahme der Kakteen. Parey, Berlin u. a. 1967 (2., überarbeitete Auflage. ebenda 1979, ISBN 3-489-60724-4).
Kakteen an ihren Standorten. Unter besonderer Berücksichtigung ihrer Morphologie und Systematik. Mit Schlüsseln zum Bestimmen der Gattungen. Parey, Berlin u. a. 1979, ISBN 3-489-51924-8.
Succulent and Xerophytic Plants of Madagascar. 2 Bände. Strawberry Press, Mill Valley CA 1995–1998, ISBN 0-912647-14-0 (Bd. 1), ISBN 0-912647-17-0 (Bd. 2).