Danach arbeitete Kofler weiterhin als Lehrer am Humanistischen Gymnasium Bozen, gleichzeitig aber auch als Universitäts-Assistent am Institut für Sprachen und Literaturen der Universität Innsbruck, wo er Mitherausgeber des Anzeigers für die Altertumswissenschaft war. 2008 habilitierte er sich mit einer Schrift zum Thema Epigrammata Bobiensia. Text, Übersetzung und Kommentar.[3] Von September 2009 bis September 2012 hatte er eine W3-Professur für Klassische Philologie (Latinistik) an der Universität Freiburg inne. Seit Oktober 2012 ist er Professor für Klassische Philologie mit Schwerpunkt Neulatein an der Universität Innsbruck. Im Juli 2013 wurde er zum Mitglied des Qualitätssicherheitsrates für Pädagoginnen- und Pädagogenbildung in Österreich ernannt.