Su hermana Amalia Hernández fue una famosa bailarina y coreógrafa. Agustín realizó sus estudios en la Escuela Nacional de Arquitectura, obteniendo su título profesional el 29 de junio de 1954. Su tesis de fin de carrera, innovadora, marcaría su vida como arquitecto. Encasillada por algunos autores como arquitectura emocional, su obra se centra en la valoración de elementos de la cultura local en una práctica absolutamente moderna de la disciplina debido a su forma de pensar. Por ese entonces, el estilo internacional tomó mucha fuerza, tanto en diseñadores como en empresarios y clientes. Fue así como inició entonces dentro de la corriente estilística en boga, encontrando paulatinamente una forma de expresión más personal.[cita requerida]
Su placer por adentrarse en las raíces del pasado mexicano lo llevó a crear edificios como el del H. Colegio Militar, inspirado en las zonas arqueológicas de Monte Albán y de Teotihuacán. Por otro lado, realizó una serie de residencias en la Ciudad de México, donde experimentó con diversos módulos tanto en diseño de plantas como en alzados; de este modo surge la casa Silva (1969), casa Hernández (1970), casa Álvarez (1976), casa Neckelman (1979), entre otras.[cita requerida]
Dentro de la arquitectura escultórica, se puede señalar a Agustín Hernández como el arquitecto más audaz y renovador, insertado dentro de un acercamiento a los valores plásticos de la cultura mexicana, en especial los que provienen del pasado precolombino. En su arquitectura también se percibe una inspiración en el pasado a través de construcciones modernas en las que el simbolismo desempeña un papel primordial; en ocasiones hace uso de glifos e imágenes prehispánicas para desarrollar elaboradas conceptualizaciones en un vaivén de asociaciones culturales y técnicas que dan como resultado construcciones cargadas con un profundo sentimiento espiritual y espectaculares ardides tecnológicos.[cita requerida]