En 1517, su hija mayor, María, fue comprometida con Federico II Gonzaga, hijo de Isabel de Este, que se convertiría en marqués y luego duque de Mantua. Sin embargo, el contrato de matrimonio fue anulado después de que Federico acusara a María de intentar envenenar a la amante de él, Isabella Boschetti, esposa del conde de Calvisano.
Tras la muerte de Guillermo en 1518, el pequeño Bonifacio heredó el marquesado de Montferrato. Ana actuó como regente hasta la muerte inesperada de su hijo en junio de 1530. Estuvo implicada en el gobierno de Montferrato cuando Bonifacio fue sucedido como marqués por el cuñado de Ana, Juan Jorge, que había sido anteriormente abad de Lucedio y obispo no consagrado de Casale.
Últimos años
La muerte de Bonifacio también volvería a despertar el interés de Federico II Gonzaga de casarse con la hija de Ana, María. Tras la muerte de esta última en septiembre de 1530, su atención se posó en la segunda hija de Ana, Margarita. Habiendo sopesado las varias propuestas de matrimonio para Margarita, Ana optó por la alianza con la Casa de Gonzaga y el matrimonio tomó lugar en octubre de 1531.
En 1533, el marqués Juan Jorge murió, dejando un hijo bastardo, pero ningún heredero legítimo. Se libró una disputa sobre la sucesión al marquesado, que era un feudo imperial. Los contrincantes eran la familia Gonzaga, los marqueses de Saluzzo y la Casa de Saboya; todos podían hacer reclamos plausibles al marquesado. Entretanto, Montferrato se encontraba bajo dominio español. En 1536, Carlos I de España le asignó el feudo a Margarita Paleólogo y su marido, Federico II de Mantua. Sin embargo, Ana asumiría como gobernante de facto. En 1540, Federico II falleció en Marmirolo y fue sucedido por su hijo de siete años, Francisco, como marqués de Montferrato y duque de Mantua. Su madre, Margarita, fue su regente junto con su cuñado, el cardenalHércules Gonzaga.
En 1525, después de la batalla de Pavía, el hermano de Ana, Carlos IV de Alençon falleció, dejándole sus bienes personales a Ana y a su hermana, Francisca, que serían reclamados sin éxito por Margarita de Angulema, la viuda de Carlos y hermana de Francisco I de Francia. Ana concedió estos bienes a Isabel Gonzaga, la hija mayor de Federico y Margarita Paleóloga. Cuando Isabel renunció a la herencia, Margarita logró transferírsela a su tercer hijo, Luis, que luego se convertiría en duque de Nevers y en el fundador de la rama Gonzaga-Nevers de la Casa de Gonzaga.
