No obstante los samurái se sentían incómodos con la restauración y planeaban retornar al sistema de shogunato. En 1335 empezaron las rebeliones en Kamakura y Takauji los sofocó pero aprovechó la situación para autoproclamarse shogun. En 1336 Takauji venció a sus oponentes y tomaría Kioto instalando al emperador Kōmyō, en 1338 fue oficialmente nombrado como shogun. Así comenzaría el período de Nanboku-chō (las cortes del Norte y del Sur), en donde habría dos Emperadores de Japón a la vez, durante los próximos 60 años.
El hijo de Takauji, Ashikaga Yoshiakira fue su sucesor después de su muerte.
