Como equipo filial, su principal función es la de servir de cantera del Junior,[2] promocionando y forjando nuevos jugadores que nutran la primera plantilla.
Fue así como se integraron Alejandro Arteta Abello, Aquiles Mercado González, Alberto Acosta Manzur, Rafael Pineda Badel y Moisés Díaz Velásquez, quienes constituyeron la primera Junta Directiva del Barranquilla Futbol Club , presidida por el abogado barranquillero Alejandro Arteta Abello. Este grupo de dirigentes contó siempre con la asistencia y apoyo del dirigente Hernán Yunis Pérez. En la temporada 2008[6] se integra a la Junta Directiva del Club Ernesto Herrera Díaz Granados, quien preside el club desde ese año.
A lo largo de estos años el Barranquilla Futbol Club se ha destacado por ofrecer oportunidades de desarrollo integral a niños y jóvenes en condiciones de desventaja social y económica y por la formación y proyección de jugadores de fútbol virtuosos, talentosos y de talla internacional.
El Barranquilla Fútbol Club siempre ha estado muy apoyado deportiva y administrativamente por el Junior. Incluso quien fuera presidente del Junior, Alejandro Arteta, fue presidente del Barranquilla anteriormente.
A nivel aficionado ha desarrollado exitosas campañas, cumpliendo excelentes presentaciones en los torneos organizados por la Liga de Fútbol del Atlántico y en los campeonatos nacionales organizados por la Federación Colombiana de Futbol.
El borde del primer escudo del equipo estaba inspirado en el del blasón representativo de Barranquilla, al interior, sobre un campo de color borgoña, en la parte superior se inscribe la sigla B.F.C. (Barranquilla. Fútbol. Club.), en el medio se ubica la bandera de Barranquilla y debajo de esta un balón de fútbol (en clara alusión a la vocación deportiva del club).
Para la temporada 2017 el equipo modificó su escudo, se conservó la misma idea original respecto al borde pero se delineó de una manera sumamente estilizada; al interior se ubicó un borde blanco concéntrico y dos líneas curvas paralelas, con estas últimas se dividió el campo en tres franjas, una verde superior, una amarilla en el medio y una roja inferior, estando en la parte superior una estrella blanca de ocho puntas, elementos así dispuestos en clara alusión a la bandera de Barranquilla. En la franja del medio aparece inscrito en letras rojas la sigla B F C (Barranquilla Fútbol Club). En la parte inferior se ubicó un pentágono y algunas figuras geométricas irregulares al interior de un círculo blanco, lo cual recuerda el balón de fútbol que figuraba en el primer logo.
Ubicada en jurisdicción del municipio de Malambo en el Área Metropolitana. Este complejo, se divide en dos partes: una tiene que ver con nueve habitaciones con capacidad para 27 futbolistas, y la segunda; un gimnasio con aire acondicionado, vestuarios para deportistas y entrenadores, cabinas médicas, oficinas, sala de reuniones y salón de televisión.
En su historia en el Barranquilla Fútbol Club ha proyectado hacia el fútbol profesional colombiano a jugadores que han continuado sus carreras con gran éxito en el fútbol internacional y con la selección de Colombia..[28]