Hubo 4 descensos en la temporada 1989 a la Copa Perú 1990. Por otro lado, se produjeron 5 ascensos de la Copa Perú 1989 y 1 de la Segunda División 1989, aumentándose la cantidad a 44 equipos en aquel año.
Deportivo Pacífico de Tumbes no se presentó a jugar el partido de vuelta en Piura, tal como lo habían establecido las Comisiones de Justicia de la ADFP y FPF, otorgándole la clasificación a Sport Boys.
Liguilla Final
Disputada en tres jornadas dobles, entre el 26 de agosto y el 2 de septiembre de 1990 en el Estadio Nacional de Lima.