Paraguay posee una elevada riqueza en fauna y flora debido a que las cinco ecorregiones que convergen en su territorio registran una notable biodiversidad; todas ellas son compartidas con los países vecinos.
Las distintas ecorregiones se encuentran muy diferenciadas, el oeste se caracteriza por ser una región semiárida, el noreste se caracteriza por las inmensas zonas inundables que conforman el Pantanal, mientras que a lo largo de la ribera del río Paraguay se desarrollan humedales subtropicales, caracterizados por grandes cuerpos de agua como el Lago Ypoá. En la zona norte de la Región Oriental se encuentran las sabanas subtropicales del Cerrado, mientras que en el este del país hasta la ribera del río Paraná se de desarrolla el Bosque Atlántico, una de las ecorregiones más rica del planeta, a la vez una de las más amenazadas, incluida en la Global 200, la lista de las ecorregiones identificadas por el World Wide Fund for Nature (WWF) como prioritarias para la conservación. Por último la zona sur, caracterizada por planicies con clima más templado.
La vegetación de esta ecorregión está caracterizada por extensos pastizales y humedales periódicamente inundables.
Tres especies de aves globalmente amenazadas se tienen su distribución de anidación restringida a esta ecorregión: los semilleros capuchino pecho blanco (Sporophila palustris), y el capuchino corona gris (Sporophila cinnamomea). La especia arbórea más representativa de esta ecorregión es el yatay (Butia yatay). Otros animales que se encuentran en el área son: la nutria pequeña o quillá (Myocastor coypus), el cardenal de cresta roja (Paroaria coronata), el ciervo de los pantanos (Blastocerus dichotomus), el yacaré negro (Caiman yacare), etc.
Chaco húmedo
La ecorregión Chaco húmedo está caracterizada por extensas sabanas de karanda'y (Copernicia alba), con humedales, esteros, islas de bosques subhúmedos, y bosques en galería. Ocupa la parte sureste de la Región Occidental del Paraguay y la parte centro-norte de la Argentina. Limita al norte con el Pantanal y al noroeste con el Chaco Seco.
La semiárida ecorregión Chaco seco es la más seca del Paraguay. Está dominada por vegetación xerofítica, bosques bajos espinosos y matorrales, con abundante presencia de cactáceas. Ocupa la parte noroeste de la Región Occidental del Paraguay y se extiende hacia el norte de la Argentina y sur de Bolivia. Esta ecorregión está amenazada por la desertificación.
La ecorregión Pantanal está situada en el extremo noroeste de la Región Occidental del Paraguay o Chaco, y se extiende hacia el sur a lo largo del río Paraguay, formando una extensión sureña del Pantanal brasileño.
La región se caracteriza por tener bosques subhúmedos de mediana altura, humedales y bosques inundables periódicamente. Esta región linda al norte con la ecorregión del Chaco seco y al sur con el Chaco Húmedo. Posee una alta diversidad de flora acuática.
La ecorregión del bosque Atlántico del Alto Paraná es la más húmeda del Paraguay, se caracteriza por el bosque alto y húmedo que forma parte del Complejo Ecorregional del Bosque Atlántico.
Es la ecorregión más deteriorada y más amenazada del Paraguay.
Esta región está constituida por una amalgama de ambientes: pastizales, sabanas, bosques secos, humedales, etc.
En el cerrado se observan tres grandes hábitats: el «campo limpio» (pastizal natural con poco o nada de vegetación arbustiva y leñosa), el «campo cerrado» (formaciones de sabanas que difieren en la densidad de cobertura boscosa), y el «cerradón» (formación densa de vegetación leñosa).