Se refugia en Francia, en París en 1778, para escapar de la Inquisición. Aquí pasa doce años y publica en portugués, un Compendio da Botánica con el fin de ganarse la vida, obra que le da una inmediata notoriedad como botánico.
Principios de agricultura philosophica. Coímbra: Imp. da Universidade, 1793
Flora Lusitanica: seu plantarum, quae in Lusitania vel sponte crescunt: vel frequentuns colunter, ex florum praesertim sexuleus systematic distributarum: synopsis. Olissipone: Ex Typogr. Regia, 1804. 2 vols.
Phytographia Lusitaniae selectior..., seu Novarum, rariorum, et aliarum minus cognitarum stirpium, quae in Lusitania sponte' veniunt, ejusdemque floram spectant, descriptiones iconibus illustratae. Olisipone: Typographia Regia, 1816-27. 2 tomos
Compêndio de botânica: addicionado e posto em harmonia com os contrecimentos actuaes desta sciencia, segundo os botanicos mais célebres, como Mirbel, De Candolle, Richard, Lecoq, e outros, por Antonio Albino da Fonseca Benevides. Lisboa: Typ. Academia Real das Sciencias 1837-1839. 2 vols.
Bibliografía utilizada
Castel-Branco, Cristina. Félix de Avelar Brotero: botaniste portugais (1744-1828). Paris/Lisboa: Fundação Calouste Gulbenkian, 2004. (Présences portugaises en France. Sciences)
Fernandes, Abílio. Felix de Avellar Brotero e a sua obra. Alcobaça: Tipographia Alcobacense 1944. (Separata do Anuário da Sociedade Broteriana)
Palhinha; Ruy Telles. Obra e vida de Félix de Avelar Brotero. Lisboa, 1950. (Sep. Memórias, classe de ciências, 5)