Felipe Howard heredó el condado de Arundel en 1580. Él, y gran parte de su familia, siguieron siendo católicos durante el reinado de la Reina Isabel de Inglaterra, cuando era muy peligroso hacerlo. También trató de salir de Inglaterra sin permiso. Mientras que algunos podrían haber hecho esto sin levantar la atención, Howard era primo segundo de la reina. Fue enviado a la Torre de Londres el 25 de abril de 1585. Si bien los cargos de alta traición nunca se demostraron, pasó diez años en la torre, hasta su muerte por disentería a los 38 años de edad. En su lecho de muerte, había solicitado a la reina que le permitiera ver a su esposa e hijo, que había nacido un año después de su encarcelamiento. La reina respondió que se si se convertía al protestantismo su solicitud sería concedida. Él se negó y murió solo en la torre. Fue inmediatamente reconocido como un mártir católico.
Fue condenado en 1589, pero su hijo Thomas fue reconocido como heredero, recuperando el condado de Arundel, así como otros títulos menores de su abuelo. Actualmente Conde de Arundel es el título de nobleza más antiguo existente con la dignidad de par de Inglaterra.[1]
El conde de Arundel Felipe Howard fue enterrado sin ceremonia bajo el suelo de la iglesia de San Pedro ad Vincula, intramuros de la torre. Veintinueve años más tarde, su viuda y su hijo obtuvieron permiso del rey Jaime I de Inglaterra para trasladar sus restos a la Capilla de los FitzAlan, justo debajo del Castillo de Arundel. Su tumba fue trasladada a la catedral católica en Arundel en 1971 y es hoy un lugar de peregrinación.