Debido al intento de crear en Valdivia una colonia holandesa en agosto de 1643, el virrey del Perú Marqués de Mancera envió una expedición desde el Callao al mando de su hijo, Antonio Sebastián de Toledo y Leiva para desalojar a los holandeses. Al llegar a Valdivia, los holandeses la habían abandonado, por lo que refundó la ciudad en febrero de 1645, quedando como un gobierno militar bajo dependencia directa del Virreinato del Perú. Su primer gobernador fue Alonso de Villanueva Soberal.
Por solicitud del capitán general de Chile, el rey emitió la Real Cédula del 9 de abril de 1662, mandando restituir el gobierno de Valdivia a la jurisdicción de la gobernación de Chile, pero la orden no fue cumplida por el virrey. El 30 de marzo de 1676 el rey volvió a ordenar la transferencia a la jurisdicción chilena, reservándose el derecho a nombrar al gobernador y otros puestos, hasta entonces designados por el virrey. Ante la protesta del virrey, se lo volvió a ordenar el 19 de diciembre de 1680, para finalmente el 30 de noviembre de 1682 pasar a la jurisdicción chilena en los aspectos de gobierno, pero no en los militares, cuyos cargos permanecieron provistos por los virreyes hasta la emisión de la Real Cédula del 17 de septiembre de 1740, fecha en la cual pasó a depender completamente de la Capitanía General de Chile.[1] Continuó sin embargo supervisada por el virrey: «en lo que miraba a las asistencias del situado i demas jéneros de que necesitase aquel presidio para su socorro».
El año 1786 el gobernador de Valdivia, Mariano Pusterla, comenzaría a abrir una senda propia del Camino Real desde el norte de forma independiente, de los esfuerzos que desde el sur realizaba el gobernador de Chiloé Francisco Hurtado (quien tenía la responsabilidad oficial de ello, en virtud de la real orden de 1784). Este camino permitió unir mediante una ruta terrestre los territorios de los Gobiernos de Chiloé y el de Valdivia; con el fin de abastecer estos gobiernos más fácilmente.
El 1 de noviembre de 1811 fue establecida en Valdivia una junta de gobierno revolucionaria, la cual fue derrocada el 16 de marzo de 1812, volviendo a manos de un gobernador realista quien cortó vínculos con el gobierno de Chile y se puso bajo dependencia del virrey del Perú hasta que fue capturada por las fuerzas independentistas de Chile en 1820. Luego de esto, Valdivia fue una gobernación militar de Chile. Además una vez recuperado el antiguo Partido de Osorno en 1822, este pasó a depender de esta gobernación.
En 1823 el Gobierno de Valdivia, corresponde al nivel de Departamento, del que dependen la Delegación de Valdivia y la Delegación de Osorno. Con el Decreto del 30 de agosto de 1826, que organiza la República de Chile en provincias, el Gobierno de Valdivia constituye la Antigua provincia de Valdivia.
↑"Gobernadores de Valdivia".[Artículo Digital]. Disponible en: «Copia archivada». Archivado desde el original el 25 de abril de 2011. Consultado el 8 de septiembre de 2010.
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