En 1963, Illia anuló los contratos petroleros con las compañías extranjeras —la mayoría de los Estados Unidos—, hecho que enfadó a los estadounidenses y a las Fuerzas Armadas, afines a los intereses foráneos.[3] También puso controles de precios para la carne, hecho que descontentó a la Sociedad Rural Argentina.[3]
El presidente Illia fue víctima de una campaña psicológica por parte de periódicos tales como La Nación y La Prensa. Estos culpaban al Gobierno de todo tipo de problemas caricaturizando al jefe de Estado como una tortuga.[5] También fueron parte de dicha campaña los semanarios Primera Plana y Confirmado, vinculados al sector industrial.[5] En agosto de 1965, la primera de estas publicaciones presentó a Onganía como aquel que podía solucionar los problemas que dejaba Illia.[6]
Para el propio Illia, una de las principales causas de su derrocamiento fue haber rechazado una propuesta hecha por el empresario estadounidense Rockefeller sobre cambiar leyes del banco nacional para que este último pudiera instalar su prestigioso banco en Argentina sin problemas. Según el norteamericano esto le traería Argentina una devaluación del peso nacional al principio pero mucha inversión extranjera después que beneficiaria a la economía nacional. Entonces el presidente argentino sospechó de un posible engaño con motivo imperialista de parte de aquel empresario y le pregunto a Rockefeller la siguiente pregunta para confirmar su sospecha: "¿que pensaría si el banquero argentino le exigiera al presidente de EE.UU que cambie la ley de reserva federal para invertir en ese país?". La manera en que Rockefeller reaccionó Illia la describió así: "Cuando escuchó la traducción Rockefeller se ruborizó, aunque no me crea, le aseguró que se ruborizó. Yo no le di tiempo para que balbuceara excusas, por lo que me di vuelta hacia el intérprete y le dije: ‘Dígale al señor Rockefeller que esta audiencia ha concluido'». Illia se fue molesto de la reunión, no quería saber más de la propuesta.[7]
La mañana del 28 de junio, tres militares, junto a la Guardia de Infantería de la Policía Federal Argentina, echaron a Illia de la Casa de Gobierno.[8] Se produce primero una discusión bastante tensa donde Arturo Illia desmoraliza a los militares sublevados[9]:
General Alsogaray: Vengo a cumplir órdenes del comandante en jefe.
Presidente: El comandante en jefe de las Fuerzas Armadas soy yo; mi autoridad emana de esa Constitución, que nosotros hemos cumplido y que usted ha jurado cumplir. A lo sumo usted es un general sublevado que engaña a sus soldados y se aprovecha de la juventud que no quiere ni siente esto.
General: En representación de las Fuerzas Armadas vengo a pedirle que abandone este despacho. La escolta de granaderos lo acompañará.
Presidente: Usted no representa a las Fuerzas Armadas. Sólo representa a un grupo de insurrectos. Usted, además, es un usurpador que se vale de las fuerzas de los cañones y de los soldados de la Constitución para desatar la fuerza contra el pueblo. Usted y quienes lo acompañan actúan como salteadores nocturnos que, como los bandidos, aparecen de madrugada.
General: Señor pres… Dr. Illia…
Varias voces: ¡Señor presidente! ¡Señor presidente!
General: Con el fin de evitar actos de violencia le invito nuevamente a que haga abandono de la Casa.
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Presidente: ¿De qué violencia me habla? La violencia la acaban de desatar ustedes en la República. Ustedes provocan la violencia, yo he predicado en todo el país la paz y la concordia entre los argentinos; he asegurado la libertad y ustedes no han querido hacerse eco de mi prédica. Ustedes no tienen nada que ver con el Ejército de San Martín y Belgrano, le han causado muchos males a la Patria y se los seguirán causando con estos actos. El país les recriminará siempre esta usurpación, y hasta dudo que sus propias conciencias puedan explicar lo hecho.
Persona de civil: ¡Hable por usted y no por mí!
Presidente: Y usted, ¿quién es, señor…?
Persona de civil: ¡Soy el coronel Perlinger!
Presidente: ¡Yo hablo en nombre de la Patria! ¡No estoy aquí para ocuparme de intereses personales, sino elegido por el pueblo para trabajar por él, por la grandeza del país y la defensa de la ley y de la Constitución Nacional! ¡Ustedes se escudan cómodamente en la fuerza de los cañones! ¡Usted, general, es un cobarde, que mano a mano no sería capaz de ejecutar semejante atropello!
La dictadura de Onganía que le siguió al gobierno de Illia duró hasta 1970 cuando una serie de puebladas en varias partes del país y el asesinato de Aramburu por Montoneros condenaron su mandato. Durante ese periodo, Nelson Rockefeller volvió a caminar por las calles del país sin problema siendo bien recibido por la junta militar junto con sus ideas. [11]El expresidente Arturo Illia se fue a trabajar a la panadería de un amigo, económicamente estaba igual a cuando asumió, no se había enriquecido. Cuando estaba en su lecho de muerte, dos de los militares que lo habían derrocado, Perlinger y Alsogaray, le enviaron una carta pidiéndole perdón por sublevarse en su contra. El doctor y presidente los perdonó.
