Hughes nació en Anglesey, siendo el mayor de 12 hijos. Era un carpintero de oficio, y cuando él trabajaba en Caernarfon en la década de 1850 comenzó a hacer campaña por una colonia galesa. Se trasladó a Liverpool en 1857, y se convirtió en uno de los líderes del movimiento colonizador organizado allí. En 1861 dio una conferencia publicada como "Manual de la Colonia galesa".
Viajó con su esposa Elizabeth y sus hijos a la Patagonia con el primer contingente del Velero Mimosa en 1865, y se dice que eran los primeros pasajeros del barco que pusieron su pie en el suelo patagónico. Construyó el primer carro del valle, hecho con maderas de un naufragio.[2] Ocupó varios cargos como juez de paz allí, y cuando murió el gobernador anunció que el día de su funeral sea un día de luto en todo el Territorio Nacional del Chubut.