En 1556 escribió su famosa Consultatio theologica, en el que aconsejó al rey Felipe II que resistiera las pretensiones temporales del papado y como monarca absoluto defendiera sus derechos a la administración de las rentas y bienes de la iglesia española, con lo que haría al estado menos dependiente de Roma. Esto le valió ser llamado "hijo de la perdición" por parte del papa Paulo IV. Poco tiempo después fue detenido por la Inquisición el arzobispo de Toledo Bartolomé de Carranza y Felipe II aprovechó para quedarse con las pingües rentas vacantes de Toledo mientras se dirimía el caso. En 1557 fue nombrado provincial de su orden. Fue profesor de fray Luis de León.
También destacó en la literatura en lengua vulgar castellana, escribiendo una amplia y personal traducción de la Opera utilissima de la cognizione et vittoria di sé stesso (Venecia, 1531) de Giovanni Battista da Crema refundida por el canónigo lateranense Serafino Aceti da Fermo, con el título de Trattato per la vita cristiana utilissimo della cognitione e vittoria di se stesso (1538), su Tratado de la victoria de sí mismo (Toledo: Juan de Ayala, 1551), que toma por estructura de exposición la de los siete pecados capitales. Su sobrino, el franciscano fray Antonio Delgado Torre y Neyra, del convento de Ocaña, hizo una segunda edición que alteró con la excusa de "continuar y extender la obra" de su tío, sin advertir, acaso interesadamente, que la había dejado completa (Madrid: Tomás Junti, 1595); más tarde se hicieron otras más cuidadas (Madrid, 1780 y Barcelona, imprenta de Pablo Riera, 1860).